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针对科学数据集的数据分发

项目描述

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DOI Test Status Build status Extensions Linters codecov.io Documentation License: MIT GitHub release Supported Python versions Testimonials 4 https://www.singularity-hub.org/static/img/hosted-singularity--hub-%23e32929.svg Contributor Covenant DOI RRID

All Contributors

分发

Anaconda Arch (AUR) Debian Stable Debian Unstable Fedora Rawhide package Gentoo (::science) PyPI package

10000 英尺概览

DataLad 的目的是使数据管理和数据分发更加易于访问。为此,它基于 GitGit-annex,提供一种去中心化的数据交换系统。这包括从在线门户自动摄取数据,并以 Git(-annex) 仓库或数据集的形式提供它。然而,实际的数据存储和权限管理仍然由原始数据提供者保留。

完整的文档可在 http://docs.datalad.org 获取,而 http://handbook.datalad.org 则提供了 DataLad 的实用教程。

扩展

一些扩展提供了 DataLad 的额外功能。扩展是独立的包,需要在 DataLad 之外安装。为了安装针对特定领域的定制 DataLad,可以直接安装扩展,DataLad 本身将自动与其一起安装。有关扩展的 注释列表 可在 DataLad 手册 中找到。

支持

此项目的文档可在以下位置找到: http://docs.datalad.org

有关此软件的所有错误、问题和增强请求都可以在此提交: https://github.com/datalad/datalad/issues

如果您遇到问题或想询问有关如何使用 DataLad 的问题,请在 NeuroStars.org 上提交一个问题,并使用 datalad 标签。NeuroStars.org 是一个类似于 StackOverflow 但专注于神经信息学的平台。

所有以前的 DataLad 问题均可在以下位置找到: http://neurostars.org/tags/datalad/

安装

基于 Debian 的系统

在基于 Debian 的系统上,我们建议通过 NeuroDebian 启用,我们通过它提供 DataLad 的新版本。启用后,只需执行以下操作

apt-get install datalad

基于 Gentoo 的系统

在基于 Gentoo 的系统上(即所有可以解析 ebuilds 的包管理器,如 包管理器规范 所述的系统),我们建议通过 启用 ::science overlay,我们通过它提供 DataLad 的新版本。启用后,只需运行

emerge datalad

其他 Linux 系统,通过 conda 安装

conda install -c conda-forge datalad

将安装最新版本,并通过

conda install -c conda-forge/label/rc datalad

其他 Linux 系统,macOS 通过 pip 安装

在安装此软件包之前,请确保您已安装了最新版本的 git-annex。之后,从 PyPI 安装最新版本的 datalad。建议使用专用 virtualenv

# Create and enter a new virtual environment (optional)
virtualenv --python=python3 ~/env/datalad
. ~/env/datalad/bin/activate

# Install from PyPI
pip install datalad

默认情况下,通过pip安装将安装DataLad的核心功能,允许管理数据集等。还有其他安装方案可供选择,您可以通过pip install datalad[SCHEME]请求增强安装,其中SCHEME可以是:

  • tests以安装DataLad单元测试所使用的依赖项。
  • full以安装所有依赖项。

有关安装和初始配置的更多详细信息,请参阅DataLad手册:安装

许可证

MIT/Expat

贡献

如果您对内部结构或项目贡献感兴趣,请参阅CONTRIBUTING.md

致谢

DataLad项目得到了以下资助的支持:

  • 美国-德国计算神经科学合作项目“DataGit:将目录、仓库和部署物流汇聚成一个联邦的‘数据分发’”(Halchenko/Hanke),由美国国家科学基金会(NSF 1429999)和德国联邦教育与研究部(BMBF 01GQ1411)共同资助。

  • CRCNS美国-德国数据共享“DataLad - 一个用于集成发现、管理和发布科学数字对象的分布式系统”(Halchenko/Pestilli/Hanke),由美国国家科学基金会(NSF 1912266)和德国联邦教育与研究部(BMBF 01GQ1905)共同资助。

  • 赫尔姆斯赫茨研究中心朱利希,2022年FDM挑战

  • 萨克森-安哈尔特州和欧洲区域发展基金(ERDF),项目:行为脑科学中心,成像平台

  • ReproNim项目(NIH 1P41EB019936-01A1)。

  • 德国研究共同体(DFG,德国研究基金会)在SFB 1451项目下(431549029,INF项目)

  • 欧盟地平线2020研究和创新计划下的资助协议

为开发提供的Mac mini实例由MacStadium提供。

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源分布

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构建分布

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