基因相互作用矩阵的稀疏二进制格式。
项目描述
Cooler
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存放您的Hi-C的好地方
Cooler是一个支持库，用于存储基因相互作用数据（如Hi-C接触矩阵）的稀疏、压缩、二进制持久化格式，也称为cooler。
冷却文件格式是一种使用HDF5作为容器格式的基因组矩阵数据模型的实现。cool包包含一系列命令行工具和Python API，以方便创建、查询和操作cool文件。
开始使用
- 安装 cooler
- 阅读文档并查看Jupyter Notebook教程。
- cool文件来自已发表的Hi-C数据集，可在此处或通过s3（存储桶
s3://cooler01 --endpoint-url https://usgs2.osn.mghpcc.org --no-sign-request）获取。 - 在4DN数据门户上还有更多多分辨率（mcool）文件可用。
安装
使用pip从PyPI安装。
$ pip install cooler
如果您使用conda，您还可以从bioconda频道安装cooler。
$ conda install -c conda-forge -c bioconda cooler
引用
Abdennur, N. 和 Mirny, L.A. (2020)。Cooler：Hi-C数据和其他基因组标记数组的可扩展存储。 Bioinformatics。doi：10.1093/bioinformatics/btz540。
@article{cooler2020,
author = {Abdennur, Nezar and Mirny, Leonid A},
title = "{Cooler: scalable storage for Hi-C data and other genomically labeled arrays}",
journal={Bioinformatics},
volume={36},
number={1},
pages={311--316},
year={2020},
doi = {10.1093/bioinformatics/btz540},
url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz540},
}
贡献
有兴趣为cool做出贡献？太好了！要开始，请查看贡献指南。
相关项目
- 查看其他Open2C工具，用于处理Hi-C数据（pairtools，distiller）和分析Hi-C数据（cooltools）！
- 使用HiGlass可视化您的cool数据！
- 查看3D基因组工具和论文列表，其中大多数接受cool文件。
归属和致谢
- Cooler是NumFOCUS的附属项目。
- Cooler的开发得到了4D Nucleome联盟的支持。
- 我们感谢NSF的ACCESS Cyberinfrastucture Open Storage Network提供的存储配额，用于托管示例cool数据。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源分布
cooler-0.10.2.tar.gz (11.1 MB 查看散列)
构建版本
cooler-0.10.2-py3-none-any.whl (109.2 kB 查看哈希值)
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cooler-0.10.2.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 3780a2e69b2ec89882dfc2775de5d9b54ccb79569dc5f042b4851599388112dc |
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| MD5 | 2afee16791f5da02be77f505bcd7aedb |
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| BLAKE2b-256 | 5e481427493331ebcc63f48bf6bf78e6b54137e638621dadff6354f96a26f818 |
关闭
cooler-0.10.2-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 4fd30a2981b4a7ab9d7c8074d9b985561902b9984f7bdff594d6fc40ed8cb505 |
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| MD5 | b56a8c8a03fab6275fa0ae13a263dd67 |
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| BLAKE2b-256 | 784b1a8da8799659aadf1449b2ad9d0cf0cfba3738dc4cb5b338d2c71606ff2c |