大量序列的常用工具
项目描述
CoolSeqTool
概述
CoolSeqTool 提供
- 一个Pythonic API，用于对次级分析工具感兴趣的兴趣序列数据，包括基因名称和转录本之间的映射，MANE转录本描述，以及通用转录本存档
- 增强对SeqRepo数据库的访问，包括多个额外的方法和工具
- 映射工具，结合上述功能，以支持参考序列、注释层和MANE转录本之间的转换
安装
CoolSeqTool 可在 PyPI 上找到。
python3 -m pip install cool-seq-tool
有关依赖项设置要求的说明，请参阅文档中的 安装说明。
用法
所有 CoolSeqTool 资源都可以通过顶层类实例初始化。
>>> from cool_seq_tool import CoolSeqTool
>>> from cool_seq_tool.schemas import AnnotationLayer, CoordinateType
>>> cst = CoolSeqTool()
>>> result = await cst.mane_transcript.get_mane_transcript(
... "NP_004324.2",
... 599,
... AnnotationLayer.PROTEIN,
... coordinate_type=CoordinateType.INTER_RESIDUE,
... )
>>> result.gene, result.refseq, result.status
('EGFR', 'NM_005228.5', <TranscriptPriority.MANE_SELECT: 'mane_select'>)
反馈和贡献
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源代码分发
cool_seq_tool-0.7.1.tar.gz (4.3 MB 查看散列)
构建分发
cool_seq_tool-0.7.1-py3-none-any.whl (4.0 MB 查看散列)
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cool_seq_tool-0.7.1.tar.gz 的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d941fc24ac378977e8b59530879119735f827b943162d576fa8efe8d2574fc72 |
|
| MD5 | 9fa9d0a1e8fda670bb6adc632cafa289 |
|
| BLAKE2b-256 | 306a9448f0596b696e7da434027de2c5f62a6db68e72ea45df849219fa18e4d6 |
关闭
cool_seq_tool-0.7.1-py3-none-any.whl 的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 2f25515c2f85b4784588717863995c436c053af6d86b6cdf5c8ab40fd307dee9 |
|
| MD5 | 25835f32da67c425bc690c0f24e93d47 |
|
| BLAKE2b-256 | b9932907ba67b37704ab37032e669750a89f14e08e7145fdc7ad81b8dd2fb05b |
