condacolab

在Google Colab上轻松安装Conda及其相关工具。

使用方法

TLDR: 在这里查看 示例笔记本!

在您的Colab笔记本中，以 第一个可执行单元 运行以下代码

!pip install -q condacolab
import condacolab
condacolab.install()

内核重启后，您可以可选地添加一个新单元以检查一切是否就绪

import condacolab
condacolab.check()

您必须在笔记本中首先执行安装，因为这需要重启内核，从而重置到那时设置的变量。

默认的 condacolab.install() 提供 Mambaforge，但您还可以选择其他 conda 发行版。

• install_miniconda(): 这将安装Miniconda发行版，使用为Python 3.10构建的版本。与Anaconda不同，此发行版仅包含 python 和 conda。
• install_miniforge(): 与Miniconda类似，但基于 conda-forge 软件包构建。Miniforge发行版由 conda-forge 正式提供。
• install_mambaforge(): 与Miniforge类似，但包含 mamba。Mambaforge发行版由 conda-forge 正式提供。

对于高级用户，也提供了 install_from_url()。它期望一个指向 constructor-like 安装程序 的URL，因此您可以预先构建一个满足您需求的Python 3.10发行版。

如果您想构建自己的 constructor-based 安装程序，请查看下面的FAQ！

安装完成后，您可以使用conda和/或mamba安装所需的包

!conda install openmm

# or, faster:
!mamba install openmm

如果您有一个环境文件（例如environment.yml），您可以这样使用

!conda env update -n base -f environment.yml

# or, faster:
!mamba env update -n base -f environment.yml

不足之处

• Python内核需要重新启动才能应用更改。这会自动发生。如果您看到一条消息说“您的会话因未知原因崩溃”，这就是原因。您可以安全地忽略此消息！
• 您只能使用base环境，所以不要尝试使用conda create创建更多环境。如果您有环境文件，请使用conda env update -n base -f <your-file.yml>。

常见问题解答

它是如何工作的？

Google Colab在Python 3.10上运行。我们在/usr/local的现有Miniconda发行版之上安装Miniconda发行版，添加一些配置文件，以确保我们保持Python 3.10，并使新安装的包可用。最后，我们将Python可执行文件包装起来，以重定向并注入一些需要加载新库的环境变量。由于我们需要重新读取LD_LIBRARY_PATH，因此需要重新启动内核。

我如何缓存我的安装？我不想每次启动Colab时都等待。

建议的方法是构建自己的基于constructor的安装程序。我们已在constructor-example/construct.yaml中提供了一个示例。

您也可以在Colab上生成constructor安装程序！请遵循本教程。

本地操作步骤

1. 在您的本地计算机上

conda create -n constructor -c conda-forge constructor
conda activate constructor
mkdir my-installer
cd my-installer
curl -sLO https://raw.githubusercontent.com/jaimergp/condacolab/main/constructor-example/construct.yaml
curl -sLO https://raw.githubusercontent.com/jaimergp/condacolab/main/constructor-example/pip-dependencies.sh

2. 将您的conda包添加到specs部分的construct.yaml中。阅读注释以尊重现有约束！您还可以根据需要调整元数据。
3. 如果您确实需要安装pip依赖项，取消注释post_install行并编辑pip-dependencies.sh。
4. 运行constructor --platform linux-64 .
5. 将生成的.sh文件上传到具有永久URL的在线位置。GitHub Releases非常适合此用途！
6. 在Colab中运行

!pip install -q condacolab
import condacolab
condacolab.install_from_url(URL_TO_YOUR_CUSTOM_CONSTRUCTOR_INSTALLER)

我可以安装R包吗？

是的，只要您确保还安装了rpy2以覆盖Colab的安装。有关更多详细信息，请参阅问题#26。