大数据的图块生成
项目描述
Clodius
显示大量数据通常需要首先将其转换成不那么大的数据量。Clodius是一个程序和库，旨在聚合大量数据集，以便在不同分辨率下轻松显示。
演示
安装clodius包
pip install clodius
并使用它聚合一个bigWig文件
curl https://raw.githubusercontent.com/hms-dbmi/clodius/develop/test/sample_data/geneAnnotationsExonsUnions.short.bed \
> /tmp/sample.short.bed
clodius aggregate bedfile /tmp/sample.short.bed
然后可以使用higlass-manage显示输出文件。有关查看这些类型文件的信息，请参阅higlass文档。
更多示例可用。
文件类型
- 非基因组栅格
- 基因组数据
开发
推荐的开发clodius的方法是使用conda环境，并使用开发模式安装clodius
pip install -e ".[dev]"
测试
可以使用pytest运行clodius的单元测试
pytest
可以通过指定定义它们的文件和函数来指定单个单元测试
pytest test/cli_test.py:test_clodius_aggregate_bedgraph
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装包 的更多信息。
源分布
clodius-0.20.1.tar.gz (11.6 MB 查看哈希值)
构建分布
clodius-0.20.1-py2.py3-none-any.whl (82.6 kB 查看哈希值)
关闭
clodius-0.20.1.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 6f63de556fbd1be4a3fbad5fc6b7885753534b49ff20250cb6d9d7ed2eb49b99 |
|
| MD5 | c8d2ce5fe260aaed4a491220088ebcf7 |
|
| BLAKE2b-256 | 7d532b68f9a050069dbf586f184c35bb63fa8fdfa10de5bb5486c941760d4d5d |
关闭
clodius-0.20.1-py2.py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 93c7dbaf12aefdbe0ecd4257f0c702d4150d03a6e7758c51e762f06824e8783d |
|
| MD5 | f8560aabbaf2a38260279acd1edfa155 |
|
| BLAKE2b-256 | 46fdd1ffe624b7e1ad0f55fb253ea0a677646d9eb7c2c37874ee30d20e363012 |
