为Clinica设计的FreeSurfer Pydra任务
项目描述
clinica-pydra-freesurfer
为Clinica设计的FreeSurfer Pydra任务。
Pydra是一个数据流引擎，提供了一套轻量级的抽象，用于DAG构建、操作和分布式执行。
FreeSurfer是一个神经影像学工具包，用于处理、分析和可视化人类脑部MRI图像。
本项目将FreeSurfer的一些工具作为Pydra任务公开，以便于将它们集成到更高级的处理工作流程中。
可用接口
| 模块 | 接口 |
|---|---|
| gtmseg | GTMSeg |
| mri | Aparc2Aseg, Binarize, Convert, Coreg, Label2Vol, RobustRegister, RobustTemplate, Surf2Surf, Vol2Vol |
| mris | AnatomicalStats, CALabel, CATrain, Expand, Preproc |
| recon_all | ReconAll, BaseReconAll, LongReconAll |
安装
pip install clinica-pydra-freesurfer
使用此包需要单独安装FreeSurfer。请参阅以下说明和许可详情。
开发
本项目由Hatch管理
pipx install hatch
运行测试套件
hatch run test
修复linting问题
hatch fmt
检查文档
hatch run docs:serve --open-browser
许可
本项目根据Apache License, Version 2.0条款分发。
下载文件
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源分布
clinica_pydra_freesurfer-0.1.0.tar.gz (21.9 kB 查看哈希)
构建分布
关闭
clinica_pydra_freesurfer-0.1.0.tar.gz的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9eb5142c009d9c016edc722d0771772a5d2d5d2787f4e49a22d6926974ad3116 |
|
| MD5 | 3c83fa65b874eebaddd12f00b5b6c348 |
|
| BLAKE2b-256 | 43ec58270e46567bef92ea70f5bfb9d3edd8f05af2a01633b8a5a7da5d684e48 |
关闭
clinica_pydra_freesurfer-0.1.0-py3-none-any.whl的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | e63e4bd09ceefe96c58250908b556295e6ebf0ac5bd35b8106799f6513c7bbea |
|
| MD5 | 9576e89141291a21e7ce63bd11228888 |
|
| BLAKE2b-256 | cd61d845a1ca8ebb526eed7a6af57f490f94c570406dea7d5f2e83813dc02e74 |
