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CellRank:多视角单细胞数据的动力学

项目描述

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CellRank 2:多视角单细胞数据统一命运图谱

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CellRank 是一个模块化框架,用于基于多视角单细胞数据的马尔可夫状态模型研究细胞动力学。请参阅我们的文档,以及CellRank 1CellRank 2 论文以了解更多信息。有关如何正确引用我们的工作的说明,请参阅此处

CellRank 可扩展到大量细胞,与scverse生态系统完全兼容,易于使用。在后台,它由pyGPCCAReuter et al. (2018))提供支持。如果您遇到错误,需要我们的帮助或只想发表评论/建议,请随时提交问题发送电子邮件

CellRank 的关键应用

  • 基于各种生物先验估计分化方向,包括RNA速度(La Manno et al. (2018)Bergen et al. (2020))、任何伪时间或发育潜力、实验时间点、代谢标签等。

  • 计算初始、终端和中间宏观状态。

  • 推断命运概率和驱动基因。

  • 可视化并聚类基因表达趋势。

  • ... 更多功能,请参阅我们的文档

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