生物医学本体工具。
项目描述
Bioontologies
生物医学本体工具。
💪 入门
此软件包允许您从基于OWL文件、OBO文件或Bioregistry前缀的本体中获取OBO图。内部，它使用ROBOT将这些格式转换为OBO图JSON。
import bioontologies
# Get an ontology and convert to OBO Graph object via an OWL IRI
owl_iri = "http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl"
parse_results = bioontologies.convert_to_obograph(owl_iri)
# Get an ontology and convert to OBO Graph object via an OBO IRI
obo_iri = "http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo"
parse_results = bioontologies.convert_to_obograph(obo_iri)
# Get an ontology by its Bioregistry prefix
parse_results = bioontologies.get_obograph_by_prefix("go")
go_graph_document = parse_results.graph_document
🚀 安装
最新版本可以从PyPI安装
$ pip install bioontologies
最新代码和数据可以直接从GitHub安装
$ pip install git+https://github.com/biopragmatics/bioontologies.git
👐 贡献
贡献，无论是提交问题、发起拉取请求还是分叉，都受到欢迎。有关参与更多信息，请参阅CONTRIBUTING.md。
👋 引用
⚖️ 许可协议
此软件包中的代码根据MIT许可协议授权。
🎁 支持
生物注册库是由INDRA实验室开发的，该实验室是系统药理学实验室和哈佛治疗科学计划（HiTS）的一部分，位于哈佛医学院。
💰 资金
该软件包的开发由DARPA青年学者奖W911NF2010255（PI：Benjamin M. Gyori）资助。
🍪 Cookiecutter
本软件包是用@audreyfeldroy的cookiecutter软件包和@cthoyt的cookiecutter-snekpack模板创建的。
🛠️ 开发者
请参阅开发者指南
README的最后一部分是如果您想通过贡献代码来参与其中。
开发安装
要开发模式安装，请使用以下命令
$ git clone git+https://github.com/biopragmatics/bioontologies.git
$ cd bioontologies
$ pip install -e .
🥼 测试
在克隆存储库并使用pip install tox安装tox后，可以使用以下命令重复运行tests/文件夹中的单元测试
$ tox
此外，这些测试在每次提交时都会自动重新运行，在GitHub Action中。
📖 构建文档
可以使用以下命令在本地构建文档
$ git clone git+https://github.com/biopragmatics/bioontologies.git
$ cd bioontologies
$ tox -e docs
$ open docs/build/html/index.html
文档自动安装软件包以及setup.cfg中指定的docs额外部分。sphinx插件如texext可以添加到那里。此外，它们还需要添加到docs/source/conf.py中的extensions列表中。
📦 制作发行版
在开发模式下安装软件包并使用pip install tox安装tox后，在tox.ini的finish环境中包含制作新发行版的命令。在shell中运行以下命令
$ tox -e finish
此脚本执行以下操作
- 使用Bump2Version将
setup.cfg、src/bioontologies/version.py和docs/source/conf.py中的版本号切换为不带-dev后缀 - 使用
build将代码打包成tar存档和wheel - 使用
twine上传到PyPI。请确保已配置.pypirc文件以避免在此步骤中需要手动输入 - 推送到GitHub。您需要创建一个与版本提升提交相对应的发行版
- 将版本提升到下一个补丁级别。如果您进行了重大更改并希望通过次要版本提升版本，则可以在之后使用
tox -e bumpversion minor
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。
源分布
构建的发行版
bioontologies-0.4.3.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9fe6ef148aa9be70bcd0bb58a262a4c911f920b4011bcb97966293598c39a73c |
|
| MD5 | 5d4dc325e38b6f44db1e7aaa7cdd7cd8 |
|
| BLAKE2b-256 | d431bcd1886cbb5061c46d807b7cac3995dbc1aefc8b0ae46811011f78f53ea5 |
bioontologies-0.4.3-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | bab5d2f9a56adfba3c2780301194d476df34ee4c783572580209b893bb5e0816 |
|
| MD5 | c545f4b269bddaaf704f28ec7ffebf81 |
|
| BLAKE2b-256 | 2fcc35aff131dc4998f1742b2da977599d721bf7998a32a35dd103598e4c55ea |
