bionty-base

访问公共生物本体。

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安装

Bionty-base 是一个适用于

pip install bionty-base

实体

• Gene - Ensembl, NCBI Gene
• Protein - Uniprot
• Organism - Ensembl Species. NCBI Taxonomy
• CellLine - Cell Line Ontology
• CellType - Cell Ontology
• CellMarker - CellMarker
• Tissue - Uberon
• Disease - Mondo, Human Disease, ICD
• 表型 - 人类表型，Phecodes，PATO，哺乳动物表型，斑马鱼表型
• 通路 - 基因本体，通路本体
• 实验因子 - 实验因子本体
• 发育阶段 - 人类发育阶段，小鼠发育阶段
• 药物 - 药物本体
• 种族 - 人类祖先本体
• BFXPipeline - 主要基于 nf-core
• 生物样本 - NCBI 生物样本属性

查看sources.yaml以获取详细信息。

未看到您喜欢的来源或版本？Bionty是可扩展的！

实体版本

import bionty_base as bt

# display currently used sources
bt.display_currently_used_sources()

# display all managed sources
bt.display_available_sources()

# local yaml file specifying all managed sources
bt.LOCAL_SOURCES

# access to the Mondo ontology
disease = bt.Disease(source="mondo")

# access to the Human Disease ontology
disease = bt.Disease(source="doid", version="2023-01-30")