Biolookup

获取生物医学实体的元数据和本体信息。

🔍 查询Biolookup服务

Biolookup服务有一个端点/api/lookup/<curie>，用于通过生物医学实体的紧凑标识符（CURIE）检索元数据和本体信息。

import requests

res = requests.get("http://localhost:5000/api/lookup/doid:14330").json()
assert res["name"] == "Parkinson's disease"
assert res["identifier"] == "14330"
assert res["prefix"] == "doid"
assert res["definition"] is not None  # not shown for brevity

INDRA Lab 在http://biolookup.io上托管了一个Biolookup服务的实例，因此您也可以使用http://biolookup.io/api/lookup/doid:14330。

同样，可以使用biolookup包完成此操作

import biolookup

res = biolookup.lookup("doid:14330")
assert res["name"] == "Parkinson's disease"
# ... same as before

如果您已配置BIOLOOKUP_SQLALCHEMY_URI环境变量（或使用pystow的任何其他有效方式）直接指向Biolookup服务实例的数据库，它将直接连接到数据库而不是使用基于Web的API。

🕸️ 运行查找应用程序

您可以使用以下命令在本地模式中运行查找应用程序：

$ biolookup web --lazy

这意味着使用来自 pyobo 的内存数据。如果您有一个大型外部数据库，可以使用 --sql 标志以远程模式运行。

$ biolookup web --sql --uri postgresql+psycopg2://postgres:biolookup@localhost:5434/biolookup

如果没有为 web 子命令提供 --uri，则使用 pystow.get_config("biolookup", "sqlalchemy_uri") 从 BIOLOOKUP_SQLALCHEMY_URI 或 ~/.config/biolookup.ini 中查找。如果没有提供，则默认为位于 ~/.data/biolookup/biolookup.db 的 SQLite 数据库。

🗂️ 加载数据库

$ biolookup load --uri postgresql+psycopg2://postgres:biolookup@localhost:5434/biolookup

如果没有为 load 子命令提供 --uri，则使用 pystow.get_config("biolookup", "sqlalchemy_uri") 从 BIOLOOKUP_SQLALCHEMY_URI 或 ~/.config/biolookup.ini 中查找。如果没有提供，则默认在 ~/.data/biolookup/biolookup.db 创建 SQLite 数据库。

🚀 安装

可以从 PyPI 安装最新版本。

$ pip install biolookup

可以直接从 GitHub 使用最新代码和数据安装。

$ pip install git+https://github.com/biopragmatics/biolookup.git

要在开发模式下安装，请使用以下命令。

$ git clone git+https://github.com/biopragmatics/biolookup.git
$ cd biolookup
$ pip install -e .

👐 贡献

欢迎贡献，无论是提交问题、创建拉取请求还是进行分叉。有关参与的信息，请参阅 CONTRIBUTING.rst。

👀 引用

⚖️ 许可证

本包中的代码采用 MIT 许可证。

🎁 支持

Biolookup 服务由 INDRA Lab 开发，INDRA Lab 是 系统药理学实验室 的一部分，也是位于 哈佛医学院 的 治疗科学项目（HiTS） 的一部分。

💰 资金

此项目得到了以下资金的资助

🍪 Cookiecutter

本包使用 @audreyfeldroy 的 cookiecutter 包和 @cthoyt 的 cookiecutter-snekpack 模板创建。