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简单的化学库

项目描述

alchemlyb:简单的炼金术库

Zenodo DOI Documentation Build Status Code coverage anaconda package

alchemlyb 通过利用 PyData 堆栈的全部功能和灵活性,使得炼金术自由能计算更加容易。它包括:

  1. 解析器,用于从常见分子动力学引擎(如 GROMACSAMBERNAMD)和其他模拟代码的输出文件中提取原始数据。

  2. 子采样器,用于从时间序列数据中获得非相关样本(包括从 Chodera2016 提取独立、平衡的样本,如 pymbar 包中实现的那样)。

  3. 估计器,直接从这些数据中获得自由能,使用多状态贝内特接受比(MBAR)的最佳实践方法 Shirts2008 和 BAR(来自 pymbar)以及热力学积分(TI)。

文档

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安装

通过 pipPyPi (alchemlyb) 安装

pip install alchemlyb

或从 conda-forge (alchemlyb) 频道作为 conda 包安装

conda install -c conda-forge alchemlyb

使用 pip 更新

pip install --update alchemlyb

或使用 conda 运行

conda update -c conda-forge alchemlyb

以获取最新发布的版本。

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参考文献

  • Shirts, M.R. 和 Chodera, J.D. (2008)。从多个平衡状态中提取样本的统计最优分析。化学物理杂志 129,124105。
  • Chodera, J.D. (2016)。分子模拟中自动平衡检测的简单方法。化学理论计算杂志 12,1799–1805。

项目详情


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源代码发行版

alchemlyb-2.4.1.tar.gz (79.6 kB 查看哈希值)

上传时间 源码

构建发行版

alchemlyb-2.4.1-py3-none-any.whl (99.6 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

支持