Zorro Automator - 电子显微镜剂量分割图像配准器
项目描述
作者：Robert A. McLeod
Email: robbmcleod@gmail.com
Zorro是一个用于电子显微镜剂量分割图像配准的软件包。它专门设计用于抑制相关噪声。
Zorro目前处于测试版。我们当前的优先级是提供更好的安装便利性，所以如果您在安装Zorro时遇到问题，请不要犹豫，打开一个问题。
有关安装的帮助，请参阅维基页面：https://github.com/C-CINA/zorro/wiki
Zorro有以下依赖项
numpy
SciPy
pyFFTW
以下为可选依赖项（分别用于加载HDF5和TIFF文件）
PyTables
scikit-image
Zorro附带了一个名为numexprz的NumExpr虚拟机的修改版本，它支持complex64数据类型。
Zorro是MIT许可证。
自动化工具
Zorro和2dx的自动化工具是Zorro的GUI界面。
它有以下额外依赖项
PySide
自动化工具还附带Skulk Manager工具，它可以作为一个守护程序监视目录中的新图像堆栈并自动处理它们。
自动化工具是LGPL许可证。
功能列表
导入：DM4，MRC，HDF5，堆叠TIFF
将增益参考应用于SerialEM 4/8位MRC堆栈。
超分辨率堆栈的傅里叶裁剪。
可以在Sun Grid Engine集群上运行。
灵活的过滤器：剂量过滤，低通滤波
随机热像素过滤器检测探测器每层辐射损伤
使用CTFFIND4.1、GCTF进行CTF估计
使用Gautomatch（alpha状态）进行粒子选择
独立的（分开的偶数和奇数帧）和非独立FRC分辨率估计器。
使用7z、pigz、lbzip2进行存档
输出诊断PNG
参考文献
McLeod, R.A.，Kowal, J.，Ringler, P.，Stahlberg, H. 2017. 低温透射电子显微镜的稳健图像对齐。结构生物学杂志。197:279-293。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847716302520
Zorro和Automator使用或与以下第三方程序接口
CTF估计 CTFFIND4.1
Rohou, A.，Grigorieff, N.，2015. CTFFIND4: 从电子显微镜图像中快速准确地估计失焦。结构生物学杂志，近期在检测技术以及分子透射电子显微镜的应用上的进展。192, 216-221. doi:10.1016/j.jsb.2015.08.008
从GCTF进行CTF估计
张克，2016. Gctf: 实时CTF确定和校正。结构生物学杂志。193, 1-12. doi:10.1016/j.jsb.2015.11.003
SerialEM的4/8位MRC
Mastronarde, D.N. 2005. 使用稳健的样品运动预测进行自动电子显微镜断层扫描。结构生物学杂志。152:36-51。
Zorro的剂量过滤器是从Unblur移植的
Grant, T.，Grigorieff, N.，2015. 使用2.6 Å重建的轮状病毒VP6测量单颗粒冷冻电镜的最佳曝光。eLife科学。e06980. doi:10.7554/eLife.06980
哈希值 for zorroautomator-0.7.4b0-cp36-cp36m-win_amd64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 3fe241f18d0ab5f5d565074d871eafb9d0eb7f1bee78b334ce40b2b101d84b1b |
|
| MD5 | 71d998a116f1fafd3d91f3bc2cc64c18 |
|
| BLAKE2b-256 | 928f0133598018db419eec33335935d51ede5ab19fb5e34dba480f90475cee2f |