y0-bio

y0的生物学应用。

💪 开始使用

检查您的BEL图在因果查询下是否可识别

import pybel
from y0.dsl import P, Variable
from y0.identify import is_identifiable
from y0_bio.resources import BEL_EXAMPLE
from y0_bio.io.bel import bel_to_nxmg
bel_graph = pybel.load(BEL_EXAMPLE)
nxmg = bel_to_nxmg(bel_graph)
assert is_identifiable(
    nxmg,
    P(Variable('Severe Acute Respiratory Syndrome') @ Variable('angiotensin II')),
)

⬇️ 安装

可以从PyPI使用以下命令安装最新版本：

$ pip install y0_bio

可以直接从GitHub使用以下命令安装最新代码和数据：

$ pip install git+https://github.com/y0-causal-inference/y0-bio.git

要开发模式安装，请使用以下命令：

$ git clone git+https://github.com/y0-causal-inference/y0-bio.git
$ cd y0-bio
$ pip install -e .

⚖️ 许可证

本包中的代码遵循MIT许可证。

🙏 贡献

贡献，无论是提交问题、提交拉取请求还是分叉，都备受赞赏。有关参与更多信息，请参阅CONTRIBUTING.rst。

🍪 Cookiecutter 致谢

本包是用@audreyr的cookiecutter包以及@cthoyt的cookiecutter-python-package模板创建的。

🛠️ 开发

README的最后一部分是如果您想通过代码贡献来参与其中。

❓ 测试

在克隆仓库并使用pip install tox安装tox之后，可以使用以下命令在有控制地的方式下运行tests/文件夹中的单元测试：

$ tox

此外，这些测试会在每次提交时自动通过GitHub Action重新运行。

📦 发布版本

在开发模式下安装包并使用

pip install tox

$ tox -e finish

此脚本执行以下操作：

1. 使用BumpVersion将setup.cfg和src/y0_bio/version.py中的版本号切换，使其不带-dev后缀
2. 将代码打包成tar归档和wheel格式
3. 使用twine上传到PyPI。请确保有一个配置好的.pypirc文件，以避免在此步骤中手动输入
4. 推送到GitHub。您需要创建一个与版本号升级的提交相关的发布。
5. 将版本升级到下一个补丁版本。如果您进行了重大更改并希望通过次要版本升级，可以在之后使用tox -e bumpversion minor