lightly modified versions of samtools, htslib, and bcftools.
项目描述
xsamtools
xsamtools通过pypi打包使samtools工具、htslib和bcftools可用。这些工具已略微修改，以便在没有索引的情况下对VCF流进行合并。
安装
pip install xsamtools
安装需要C工具链。通常Ubuntu/Debian系统应该安装以下软件包
libbz2-devliblzma-devlibcurl4-openssl-devlibncurses5-dev
libcurl4-openssl-dev可以省略，但这将导致htslib的一些云支持功能不可用。
用法
安装成功后，以下可用的可执行文件
samtools
- htsfile
- bgzip
- tabix
- bcftools
xsamtools
- merge_vcfs.py
xsamtools还提供Python工具来创建指向Google存储对象的命名（FIFO）管道
from xsamtools import pipes
reader = pipes.BlobReaderProcess("bucket-name", "read-key")
print("reader path", reader.filepath) # local FIFO filepath
writer_key = pipes.BlobWriterProcess("bucket-name", "writ-key")
print("writer path", writer.filepath) # local FIFO filepath
这些流在文件系统上表现为可读或可写的文件。这些对象不可定位。
还提供了一种合并GS对象VCF的方法
from xsamtools import vcf
vcf.combine("src-bucket-name", ["first-src-vcf-key", "second-src-vcf-key"], "dst-bucket-name", "dst-vcf-key")
对VCF键的数量没有正式限制。应确保提供的VCF对象按染色体对齐，否则合并将失败。
Docker
已发布一个安装了xsamtools的Docker镜像，可在https://hub.docker.com/r/xbrianh/xsamtools找到。
关闭
xsamtools-0.6.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 80cf8ae5ab60c150a86db1334f61df06228c8b5eee1b6428fd00d540a95fd5dd |
|
| MD5 | 9c8d5e3008523d6e552097fba50ab204 |
|
| BLAKE2b-256 | 1eb81e9983be807ed478c131705acd2e945c93a3b025aff4fa23d4390409733f |