将MITgcm的mds二进制文件读入xarray
项目描述
xmitgcm是一个Python包，用于将MITgcm的二进制MDS文件读入xarray数据结构。通过在dask数组中存储数据，xmitgcm使得对MITgcm输出数据的并行、离核分析成为可能。
链接
安装
要求
xmitgcm与Python 3.7及以上版本兼容。它需要xarray（>=版本0.11.0）和dask（>=版本1.0）。这些软件包最可靠地通过conda环境管理系统安装，该系统是Anaconda Python发行版的一部分。假设您的系统上已安装conda，可以使用以下命令安装依赖项：
conda install xarray dask
如果您正在使用这些软件包的早期版本，请在安装xmitgcm之前更新它们。
通过pip安装
如果您只想使用xmitgcm，最简单的方法是通过pip安装
pip install xmitgcm
这将自动从pypi安装最新版本。
从github安装
xmitgcm正在积极开发中。要获取最新开发版本，您可以克隆源存储库并安装它
git clone https://github.com/MITgcm/xmitgcm.git cd xmitgcm python setup.py install
快速入门
首先确保您理解xarray数据集对象是什么。然后找到一些MITgcm MDS数据。如果您没有任何自己的数据，可以下载xmitgcm 测试存储库。要下载一些测试数据，运行以下shell命令：
$ curl -L -J -O https://ndownloader.figshare.com/files/6494718 $ tar -xvzf global_oce_latlon.tar.gz
这将创建一个名为global_oce_latlon的目录，我们将在此示例中使用该目录。如果您有自己的数据，请用您的mitgcm文件路径替换此路径。
要将MITgcm MDS数据作为xarray.Dataset打开，请在Python中执行以下操作：
from xmitgcm import open_mdsdataset data_dir = './global_oce_latlon' ds = open_mdsdataset(data_dir)
data_dir应该是到MITgcm运行目录的路径（绝对路径或相对路径）。xmitgcm将自动扫描此目录并尝试确定要读取的文件前缀和迭代次数。在某些配置中，open_mdsdataset函数可能不需要其他关键字参数即可正常工作。在大多数情况下，您必须指定更多详细信息。
有关更多详细信息，请参阅在线文档。
下载文件
下载适合您平台的可执行文件。如果您不确定选择哪一个，请了解有关安装软件包的更多信息。
源发行版
构建发行版
xmitgcm-0.5.2.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7dda45fdf6182a859f5c441cd5928a7c99d41c8bcea9fccf471b7011791b1131 |
|
| MD5 | 95274879591f6193285288e435d3d17a |
|
| BLAKE2b-256 | 06bdf966993301ed8adcde36599ae0a80c673b96dc04b82d0d9035dd95071f3d |