xCeM-CHiMP 1.0.1

安装

pip install chimpflow

chimpflow --version

xCeM-CHiMP模型文件

该模型文件保存在

https://gitlab.diamond.ac.uk/xchem/xchem-chimp-models

该文件太大，无法上传到GitHub。

为了GitHub pytest在CI/CD动作中找到该文件，该文件已上传到zenodo

https://zenodo.org/record/7810708/2022-12-07_CHiMP_Mask_R_CNN_XChem_50eph_VMXi_finetune_DICT_NZ.pytorch

tests/conftest.py自动获取此文件。

运行

rm -rf detector_output
python -m detect_folder_chimp \
    --echo --preview \
    --num_classes=3 \
    --MODEL_PATH=src/xchem_chimp/detector/model/2022-12-07_CHiMP_Mask_R_CNN_XChem_50eph_VMXi_finetune_DICT_NZ.pytorch \
    --IMAGE_PATH=tests/SubwellImages/97wo_2021-09-14_RI1000-0276-3drop

您可以期待类似

20-Mar-23 08:09:21 - INFO - Loading libraries...
20-Mar-23 08:09:21 - DEBUG - Loading model from src/xchem_chimp/detector/model/2022-12-07_CHiMP_Mask_R_CNN_XChem_50eph_VMXi_finetune_DICT_NZ.pytorch
20-Mar-23 08:09:21 - INFO - Making directory for detector output: /27/xchem-chimp/detector_output
20-Mar-23 08:09:21 - DEBUG - extracting coordinates...
20-Mar-23 08:09:25 - DEBUG - create_detector_output_dict: 97wo_01A_1.jpg - Number of objects found: 33
20-Mar-23 08:09:25 - DEBUG - 1 drops, 32 crystals over prob threshold
20-Mar-23 08:09:26 - DEBUG - Extracting Echo coordinate from distance transform.
20-Mar-23 08:09:27 - DEBUG - Calculating well centroids...
20-Mar-23 08:09:27 - DEBUG - Loading background images
20-Mar-23 08:09:27 - DEBUG - Well centroid found at (504, 600)

开发问题

• 在分发中是否需要src/xchem_chimp/detector/background_images文件夹？

• 单元测试中model_file的最佳放置位置是什么？

• torchvision是否是运行时必需的依赖项？

• 模型文件是如何构建的？

• coord_generator.py和detector_utils.py中为什么有这么多mypy问题？

• 这有多重要：DeprecationWarning: 请使用 gaussian_filter 从 scipy.ndimage 命名空间中，scipy.ndimage.filters 命名空间已弃用。

• 我们需要保留zocalo目录中的任何内容吗？

• 有没有一些示例图像，其中正确计算了target_position？

文档

有关更多详细信息，请参阅 https://www.cs.diamond.ac.uk/chimpflow。

在本地构建和查看文档

git clone git+https://gitlab.diamond.ac.uk/scisoft/bxflow/chimpflow.git
cd chimpflow
virtualenv /scratch/$USER/venv/chimpflow
source /scratch/$USER/venv/chimpflow/bin/activate
pip install -e .[dev]
make -f .chimpflow/Makefile validate_docs
browse to file:///scratch/$USER/venvs/chimpflow/build/html/index.html

需要进一步文档化的主题

• 改进的TODO列表

• 变更日志