workflow2executable 0.1.1

将Galaxy工作流转换为独立脚本。

目前只适用于常规数据集输入。最终可能更适合集成到planemo。

基本思想是，一个具有完全定义的输入部分的工作流可以描述自己。

workflow2executable 28d1e2d715476c2c https://usegalaxy.org --script_path workflow.py

应创建一个Python脚本，该脚本将在指定的Galaxy服务器上运行工作流。使用方法可参见

python workflow.py --help

Usage: workflow.py [OPTIONS]

  Run Select last n lines workflow

Options:
  --input_dataset PATH
  --number_of_lines_to_keep INTEGER
  -a, --api_key TEXT              API key to use for running workflow
  -g, --galaxy_url TEXT           Galaxy URL to use for running workflow
                                  [default: https://usegalaxy.org]

  -h, --history_id TEXT           History ID that will contain workflow
                                  results

  -n, --new_history_name TEXT     Create a new history with this name. Will
                                  not be used if history ID is provided.

  --publish / --private           Publish history?
  --monitor_invocation / --no_monitor_invocation
                                  Print workflow invocation status updates?
  --workflow_id_override TEXT     Override workflow to run with this workflow
                                  id or uuid

  --quiet TEXT                    Decrease logging output
  --help                          Show this message and exit.

鸣谢

此软件包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。