westpa 2022.11

概述

WESTPA是一个使用“加权系综”方法（Huber和Kim，1996年）构建和运行的随机模拟的包。使用WESTPA时，请引用以下内容

Zwier, M.C.，Adelman, J.L.，Kaus, J.W.，Pratt, A.J.，Wong, K.F.，Rego, N.B.，Suarez, E.，Lettieri, S.，Wang, D.W.，Grabe, M.，Zuckerman, D.M.，和Chong, L.T. “WESTPA：一个可互操作、高度可扩展的加权系综模拟和分析软件包，” J. Chem. Theory Comput.，11: 800−809 (2015)。

Russo, J. D.，Zhang, S.，Leung, J.M.G.，Bogetti, A.T.，Thompson, J.P.，DeGrave, A.J.，Torrillo, P.A.，Pratt, A.J.，Wong, K.F.，Xia, J.，Copperman, J.，Adelman, J.L.，Zwier, M.C.，LeBard, D.N.，Zuckerman, D.M.，Chong, L.T. WESTPA 2.0：加权系综模拟和长时间尺度应用分析的性能升级。J. Chem. Theory Comput.，18 (2): 638–649 (2022)。

有关加权系综模拟的概述，请参阅此页面和此演示文稿。

为了帮助我们资助开发并提升WESTPA，请填写一份时长为一分钟的调查问卷，并考虑为WESTPA社区贡献文档或代码。

WESTPA是免费软件，遵循MIT许可证的条款。有关更多信息，请参阅文件LICENSE。

需求

WESTPA是用Python编写的，需要3.7或更高版本。WESTPA还要求安装一些Python科学软件包。满足这些需求的最简单方法是下载来自www.anaconda.com的Anaconda Python发行版（对所有用户免费）。

WESTPA目前可以在类Unix操作系统上运行，包括Linux和Mac OS X。它是在运行Linux的x86_64机器上开发和测试的。

获取和安装WESTPA

WESTPA是在类Unix操作系统上开发和测试的，包括Linux和Mac OS X。

无论选择哪种安装方法，在安装WESTPA之前，我们建议您首先安装最新免费Anaconda Python发行版提供的Python 3版本。安装Anaconda后，使用以下命令为WESTPA安装创建一个新的python环境：

conda create -n westpa python=3.11
conda activate westpa

然后，我们建议通过conda或pip安装WESTPA。执行以下任意一项：

conda install -c conda-forge westpa

或

python -m pip install westpa

有关更详细的信息，请参阅我们wiki上的安装说明。

要从源代码安装（不建议），首先从发行页面下载相应的tar.gz文件。下载文件后，解压文件并执行以下命令安装WESTPA：

tar xvzf westpa-2022.09.tar.gz
cd westpa
python -m pip install -e .

入门

有关如何使用WESTPA软件的高级教程可以在这里找到这里。此外，所有WESTPA命令行工具在提供-h/–help选项时都提供详细帮助。

最后，虽然WESTPA是一个强大的工具，它允许专家模拟器访问比标准模拟更长的时标，但要弄清楚如何在您选择的计算资源上有效地运行模拟，可能会有一个陡峭的学习曲线。对于已完成在线教程并准备对其系统进行生产模拟的严肃用户，我们邀请您联系Lillian Chong（ltchong AT pitt DOT edu），以便与她的实验室共度几天，或安排视频会议，帮助您启动模拟。

获取帮助

WESTPA 常见问题解答

WESTPA有一个邮件列表，可以在这里提问（或查看是否有以前已经解决的问题）。这是获取帮助和支持的首选方法。请参阅http://groups.google.com/group/westpa-users以注册或搜索存档消息。

开发者

搜索存档消息或发布到westpa-devel Google组：https://groups.google.com/group/westpa-devel。