GA4GH工作流程执行服务参考实现
项目描述
工作流即服务
本文件提供了Common Workflow Language（CWL）API的客户端和服务器实现，具体为GA4GH Workflow Execution Service。
它提供了一个基于Arvados的后端。它还可以与任何支持CWL标准命令行界面的cwl-runner一起工作：http://www.commonwl.org/v1.0/CommandLineTool.html#Executing_CWL_documents_as_scripts
安装
pip install wes-service
使用默认的cwl-runner后端运行独立服务器
$ wes-server
提交工作流以运行
$ wes-client --host=localhost:8080 myworkflow.cwl myjob.json
列出工作流
$ wes-client --list
获取工作流状态
$ wes-client --get <workflow-id>
从工作流获取stderr日志
$ wes-client --log <workflow-id>
服务器选项
使用Arvados后端运行独立服务器
$ wes-server --backend=wes_service.arvados_wes
使用具有cwl_runner后端的不同可执行文件
$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt runner=cwltoil
传递参数给cwl-runner
$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt extra=--workDir=/
客户端环境选项
设置服务端点
$ export WES_API_HOST=localhost:8080
设置要传递给Authorization头的值
$ export WES_API_AUTH=my_api_token
设置协议（http或https之一）
$ export WES_API_PROTO=http
下载文件
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源分布
wes-service-4.0.tar.gz (26.8 kB 查看哈希值)
构建分布
wes_service-4.0-py3-none-any.whl (29.1 kB 查看哈希值)
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wes-service-4.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a5815cea08b9a80fbbc55bc23cd03eefae8710706600d07c52dd6e1a9f68aa44 |
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| MD5 | 43f990c4b660a42c7e68c3a5281c0864 |
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| BLAKE2b-256 | dca4dee73208c75af895ab0745a4a15fea76eed796fa975cac63a70582b21067 |
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wes_service-4.0-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 0eaf47a0d210130127a262c6e19acae0177fe781d572099f3214298672b26990 |
|
| MD5 | bdd3f5cedab0d93c9e8f329306532b95 |
|
| BLAKE2b-256 | 5aa679cade71964037816bfd957fdfb77d2090a56769fad8acc325af940d4c83 |
