waterdynamics

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分析分子动力学轨迹中的水动力学以及水与其他分子的相互作用。waterdynamics的文档可以在https://mdanalysis.org/waterdynamics找到。

水动力学受《行为准则》的约束。

安装

要从源代码构建水动力学，我们强烈建议使用虚拟环境。如果可能，我们强烈建议您使用 Anaconda 作为您的包管理器。下面我们提供了关于 conda 和 pip 的说明。

使用 conda

确保您已经安装了 conda。

创建并激活虚拟环境

conda create --name waterdynamics
conda activate waterdynamics

安装开发和文档依赖项

conda env update --name waterdynamics --file devtools/conda-envs/test_env.yaml
conda env update --name waterdynamics --file docs/requirements.yaml

从源代码构建此包

pip install -e .

如果您想更新您的依赖项（这可能有风险！），请运行

conda update --all

完成之后，您可以使用以下命令退出虚拟环境

conda deactivate

使用 pip

从 PyPI 安装

水动力学的最新版本可在 PyPI 上找到，并可以使用以下命令安装：

pip install waterdynamics

从源代码安装

要从源代码构建包，请运行

pip install .

如果您想创建一个开发环境，请使用以下命令安装测试和文档所需的依赖项

pip install ".[test,doc]"

版权

水动力学源代码托管在 https://github.com/MDAnalysis/waterdynamics 上，并根据 GNU 通用公共许可证版本 2 提供（见文件 LICENSE）。

版权 (c) 2023, MDAnalysis

致谢

本项目基于 MDAnalysis Cookiecutter 版本 0.1。当在已发表的论文中使用水动力学时，请引用 MDAnalysis。