蛋白质亚细胞定位信息包
项目描述
Waldo告诉每个人都知道的事情。
我们正在准备一篇论文。如果您在出版物中使用此软件，请告诉我们，以便我们（根据我们的知识）为您提供正确的引用。
安装
依赖项
python
lxml
sqlalchemy
bottle
bottle仅在需要运行Web应用程序时需要（即，如果您仅使用本地编程API，则可以跳过此步骤）。
在Debian或Ubuntu系统下，以下命令将安装所有必要的软件包
sudo apt-get install python-lxml sudo apt-get install python-sqlalchemy sudo apt-get install python-bottle
安装
您可以通过运行install.sh文件来使一切正常运行
./install.sh
各个步骤如下
python setup.py install
这是标准的Python安装命令。为了开始使用waldo，您需要下载所有数据库文件并建立索引。实用脚本update-waldo可以完成此操作
update-waldo --user update-waldo update-waldo --datadir /path/to/datadir --database database.sqlite3
有三种变体（如上所示）
--user（install.sh的默认值）将waldo本地安装为此用户（在$HOME/.local/share/waldo下）
没有参数时，它在系统范围内安装（您需要具有对/var/lib/waldo的写入权限）
您可以指定确切的数据存储位置。
datadir是waldo将存储下载的信息的位置。默认为/var/lib/waldo/data。您还可以指定数据库文件（默认为/var/lib/waldo/waldo.sqlite3）的存储位置。
此外，您可以使用--unsafe标志来加快索引速度，但如果您中断进程，数据库可能会损坏
update-waldo --user --unsafe
运行Web应用
如果您已如上所述安装了waldo，应执行以下操作
python woof/woof.py
