Wags-TAILS

为Wagnerds提供的辅助信息加载和结构（TAILS）技术。

此工具为Wagner Lab开发的几个项目提供数据采集和访问实用程序。它指定用户空间中的一个存储位置，其中可以保存外部数据文件，并提供下载和更新它们的方法，当它们可用时。

它目前用于

• Thera-Py
• 基因标准化器
• 疾病标准化器
• 等等！

文档 · 安装 · 使用 · API参考

安装

从PyPI安装

python3 -m pip install wags_tails

使用

数据源类提供了一个get_latest()方法，该方法获取最新的可用数据文件，并返回一个包含其位置的pathlib.Path对象

>>> from wags_tails.mondo import MondoData
>>> m = MondoData()
>>> m.get_latest(force_refresh=True)
Downloading mondo.obo: 100%|█████████████████| 171M/171M [00:28<00:00, 6.23MB/s]
PosixPath('/Users/genomicmedlab/.local/share/wags_tails/mondo/mondo_v2023-09-12.obo'), 'v2023-09-12'

将源类初始化为将silent参数设置为True以抑制控制台输出

>>> from wags_tails.mondo import MondoData
>>> m = MondoData(silent=True)
>>> latest_file, version = m.get_latest(force_refresh=True)

配置

所有数据都存储在指定的WagsTails数据目录的源特定子目录中。默认情况下，此位置为~/.local/share/wags_tails/，但可以通过在初始化时直接传递Path到数据类、通过$WAGS_TAILS_DIR环境变量或通过XDG数据环境变量进行配置。

反馈和贡献

我们欢迎用户和有兴趣的协作者提交错误报告、功能请求和代码贡献。有关提交反馈和贡献新代码的文档中包含了指导。