CRISPR/Cas9敲除筛选实验的交互式HTML5可视化。
项目描述
[]() [](https://pypi.python.org/pypi/vispr) [](http://bioconda.github.io) [](https://pypi.python.org/pypi/vispr) [](https://anaconda.org/bioconda/vispr)
VISPR - CRISPR数据的可视化框架。
VISPR是一个基于网络的、交互式可视化框架，用于CRISPR/Cas9敲除筛选实验。有关最近的变化，请参阅[变更日志](CHANGELOG.md)。
安装
安装VISPR最简单的方法是使用Miniconda3 Python发行版 (http://conda.pydata.org/miniconda.html)。请确保安装Python 3版本。在Linux或Mac OSX上，您可以在终端中执行以下命令
conda install –channel bioconda vispr
使用[生物conda通道](http://bioconda.github.io)安装VISPR及其所有依赖项。
要更新VISPR和其他所有已安装的Conda包，请执行以下命令
conda update –channel bioconda –all
如果您正在使用旧版本的MacOS X，并且安装Miniconda后无法使用conda命令，您必须将您的shell更改为bash。要永久执行此操作，请执行以下命令
chsh -s /bin/bash
使用方法
以下所有步骤都必须在终端中执行。
### 第一步：测试VISPR
安装成功后，您可以通过执行以下命令使用示例数据测试VISPR：
vispr test
在终端中。这将下载测试数据，并允许您探索VISPR的所有功能。
### 第二步：配置VISPR
VISPR将[MAGeCK](http://liulab.dfci.harvard.edu/Mageck)和[FastQC](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc)的结果作为输入。要显示这样的结果在VISPR中，您需要提供一个配置文件，该文件指向结果文件并设置其他参数。一个配置文件定义一组结果（即一个实验）。生成自己的数据和创建vispr配置文件的最简单方法是使用[MAGeCK-VISPR](https://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr)工作流程。如果您不想使用工作流程，可以通过发出
vispr config
来手动创建VISPR配置，以获得修改模板。
### 第三步：运行VISPR
一旦您有了配置文件（无论是通过工作流程生成的还是手动创建的），您可以通过发出
vispr server path/to/config.yaml
来启动一个服务器进程，该进程在浏览器中渲染VISPR用户界面。VISPR可以使用多个配置文件调用（即多个实验），允许通过用户界面选择和比较实验。
此外，您可以将结果压缩到可以轻松通过电子邮件发送的存档中
vispr archive path/to/config.yaml myexperiment.tar.bz2
然后，即使在不同的工作站上，也可以使用VISPR提取和可视化这些结果
tar -xf myexperiment.tar.bz2 vispr server myexperiment/vispr.yaml
有关进一步的帮助，请使用
vispr –help
探索VISPR的所有命令行选项
### 第四步：在远程服务器上运行VISPR
最新的VISPR版本现在允许用户从远程机器访问VISPR服务器（感谢张武宾）。只需在服务器和测试命令中使用“–host <您的IP地址>”选项，即可允许远程访问。例如，如果您的IP地址是192.168.86.164，您可以在服务器中运行
vispr test –host 192.168.86.164 –port 5000
，然后在另一台计算机的浏览器中通过输入192.168.86.164:5000远程访问VISPR。
同样，您可以使用
vispr server myexperiment/vispr.yaml –host 192.168.86.164 –port 5000
许可证
Johannes Köster <koester@jimmy.harvard.edu> Wei Li <li.david.wei@gmail.com>
在MIT许可协议下许可（https://open-source.org.cn/licenses/MIT）。此项目可能无法根据这些条款进行复制、修改或分发。
](https://pypi.python.org/pypi/vispr){kind=link}
](http://bioconda.github.io){kind=link}
](https://pypi.python.org/pypi/vispr){kind=link}
](https://anaconda.org/bioconda/vispr/badges/downloads.svg)](https://anaconda.org/bioconda/vispr){kind=link}
vispr-0.4.14.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | dc2cf6ac9c8930b0f1f1b3a2b7f57bfae180b2ac3674060123fd2d7fe10ccd82 |
|
| MD5 | b8e5fedcc86d4e5a80833069b94be254 |
|
| BLAKE2b-256 | 2c07a06cc1b877cef21ea8f856a49c62437b94998cb9158fa42a577b10f8f08d |