viewephys

Neuropixel原始数据查看器

安装

pip安装viewephys

或者，在开发模式下

git clone https://github.com/int-brain-lab/viewephys.git
cd viewephys
pip install -e .

支持的环境

这与IBL环境兼容

否则，您可以创建一个新的环境，如下所示

conda create -n viewephys python=3.12
conda activate viewephys

然后按照上面的安装说明进行。

控件

• ctrl + z: -3dB增益
• ctrl + a: +3dB增益
• ctrl + p: 在多窗口模式下，链接显示（平移，缩放和增益）

选择 spikes

当选择模式启用（菜单选择）时

• 左键单击设置一个点
• shift + 左键删除一个点
• control + 左键不会围绕选择的最大值回绕
• space增加spike组号

示例

可视化原始二进制文件

激活您的环境并键入viewephys，然后您可以使用文件菜单加载neuropixel二进制文件。

或者您可以使用命令行将查看器指向特定文件

viewphys -f /path/to/raw.bin

加载numpy数组或切片

# if running ipython, you may have to use the `%gui qt` magic command
import numpy as np
from viewephys.gui import viewephys
nc, ns, fs = (384, 50000, 30000)  # this mimics one second of neuropixel data
data = np.random.randn(nc, ns) / 1e6  # volts by default
ve = viewephys(data, fs=fs)

贡献

分支和PR。

Pypi发布清单

flake8
rm -fR dist
rm -fR build
python setup.py sdist bdist_wheel
twine upload dist/*
#twine upload --repository-url https://test.pypi.org/legacy/ dist/*