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计算原子系统的邻域列表

项目描述

Vesin: 原子系统的快速邻域列表

Documentation Tests

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邻居 vesin voisin vesin visin veí vecino vicino

Vesin是一个用于计算原子系统邻域列表的C库,旨在快速且易于使用。我们还提供了一个Python包来调用C库。

安装

要从Python使用代码,您可以使用pip安装它

pip install vesin

有关如何将代码安装到C或C++以使用的更多信息,请参阅文档

使用说明

您可以使用NeighborList计算器类

import numpy as np
from vesin import NeighborList

# positions can be anything compatible with numpy's ndarray
positions = [
    (0, 0, 0),
    (0, 1.3, 1.3),
]
box = 3.2 * np.eye(3)

calculator = NeighborList(cutoff=4.2, full_list=True)
i, j, S, d = calculator.compute(
    points=points,
    box=box,
    periodic=True,
    quantities="ijSd"
)

我们还提供与ASE邻域列表兼容的函数。

import ase
from vesin import ase_neighbor_list

atoms = ase.Atoms(...)

i, j, S, d = ase_neighbor_list("ijSd", atoms, cutoff=4.2)

有关如何从C或C++使用代码的更多信息,请参阅文档

基准测试

以下基准测试结果计算了使用AMD 3955WX CPU和NVIDIA 4070 Ti SUPER GPU的不断增加大小的钻石超胞的邻域列表。您可以使用位于benchmarks/benchmark.py的脚本在您的系统上运行此基准测试。缺失的点表示特定代码无法运行计算(例如,NNPOps需要单元格大小是截止值的两倍,因此无法与大型截止值和小型单元格一起运行)。

Benchmarks

许可

Vesin采用3条款BSD许可证分发。通过贡献此代码,您同意在相同的许可证下分发您的贡献。

项目详情


下载文件

下载适用于您平台文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源代码分发

vesin-0.2.0.tar.gz (25.9 kB 查看散列)

上传时间 源代码

构建分发

vesin-0.2.0-py3-none-win_amd64.whl (46.9 kB 查看散列)

上传时间 Python 3 Windows x86-64

vesin-0.2.0-py3-none-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (49.2 kB 查看散列)

上传时间 Python 3 manylinux: glibc 2.17+ x86-64

vesin-0.2.0-py3-none-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl (48.1 kB 查看散列)

上传时间 Python 3 manylinux: glibc 2.17+ ARM64

vesin-0.2.0-py3-none-macosx_11_0_arm64.whl (18.2 kB 查看散列)

上传时间 Python 3 macOS 11.0+ ARM64

vesin-0.2.0-py3-none-macosx_10_13_x86_64.whl (18.3 kB 查看散列)

上传时间 Python 3 macOS 10.13+ x86-64

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