计算原子系统的邻域列表
项目描述
Vesin: 原子系统的快速邻域列表
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---|---|---|---|---|---|---|---|
邻居 | vesin | voisin | vesin | visin | veí | vecino | vicino |
Vesin是一个用于计算原子系统邻域列表的C库,旨在快速且易于使用。我们还提供了一个Python包来调用C库。
安装
要从Python使用代码,您可以使用pip
安装它
pip install vesin
有关如何将代码安装到C或C++以使用的更多信息,请参阅文档
使用说明
您可以使用NeighborList
计算器类
import numpy as np
from vesin import NeighborList
# positions can be anything compatible with numpy's ndarray
positions = [
(0, 0, 0),
(0, 1.3, 1.3),
]
box = 3.2 * np.eye(3)
calculator = NeighborList(cutoff=4.2, full_list=True)
i, j, S, d = calculator.compute(
points=points,
box=box,
periodic=True,
quantities="ijSd"
)
我们还提供与ASE邻域列表兼容的函数。
import ase
from vesin import ase_neighbor_list
atoms = ase.Atoms(...)
i, j, S, d = ase_neighbor_list("ijSd", atoms, cutoff=4.2)
有关如何从C或C++使用代码的更多信息,请参阅文档。
基准测试
以下基准测试结果计算了使用AMD 3955WX CPU和NVIDIA 4070 Ti SUPER GPU的不断增加大小的钻石超胞的邻域列表。您可以使用位于benchmarks/benchmark.py
的脚本在您的系统上运行此基准测试。缺失的点表示特定代码无法运行计算(例如,NNPOps需要单元格大小是截止值的两倍,因此无法与大型截止值和小型单元格一起运行)。
许可
Vesin采用3条款BSD许可证分发。通过贡献此代码,您同意在相同的许可证下分发您的贡献。
项目详情
下载文件
下载适用于您平台文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。
源代码分发
vesin-0.2.0.tar.gz (25.9 kB 查看散列)
构建分发
vesin-0.2.0-py3-none-win_amd64.whl (46.9 kB 查看散列)
关闭
vesin-0.2.0.tar.gz的散列
算法 | 散列摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 7c49e11aa46c06ae8e3154d52b462ae0e19aa090eda4b226b7fd5a4e35e87a30 |
|
MD5 | bbd603b84769afbf7db597e3625535f5 |
|
BLAKE2b-256 | 4ea54e64b1d9296c3cc83652d59955706a36c823bf0b30636daf25aec385fc90 |
关闭
哈希值 用于 vesin-0.2.0-py3-none-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 散列摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 73f8157280f9c2086aee9b0b09d660bd533459727830f59e9592c0578ab8ad7e |
|
MD5 | b7b525f6fa96ff2654888235a0af7ef2 |
|
BLAKE2b-256 | 11491a480a2bfee1c006b0502b4c4f8b8a28049d42ce8fa5867c7efb6d2a32eb |
关闭
哈希值 用于 vesin-0.2.0-py3-none-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
算法 | 散列摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 96c4969dac2f8dddf34681c9d952b451aaed89062eee0dc8697931487cf7dd6a |
|
MD5 | f916ac63064f1f8f48a26108186340db |
|
BLAKE2b-256 | e1f0323958504117d4e26ba70a10da9046214cd02e5e83f38cac7d2daf0d4fd3 |