Martinize2 和 vermouth：终极分辨率转换工具

Martinize2 是对 Martinize 的重写。它的目标是根据原子结构生成粗粒度结构和拓扑。Martinize 主要针对 Martini 粗粒度力场和 Gromacs 模拟引擎进行开发。然而，该程序的架构将允许我们在未来支持更广泛的力场和模拟引擎。

Vermouth（用于Versatile、Modular和Universal Tranformation Helper）是Martinize2的Python库。它允许使用图算法描述和应用分子结构和拓扑的转换。

免责声明

Martinize2和Vermouth仍在开发中。到目前为止，它们主要在Martini 2和Martini 3上进行了测试。如果您使用Martinize 2和Vermouth进行其他力场，请务必仔细检查生成的拓扑！
可能会出现错误。如果您遇到问题，请在该处报告：https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize/issues。在使用之前，请仔细检查您的输入和输出文件；阅读程序显示的消息。

安装

Martinize2和Vermouth需要Python 3.6或更高版本。它们通过PyPi分发，可以使用pip命令安装。

pip install vermouth

这将安装最后一个发布的版本。您可以通过运行pip install -U vermouth更新现有的安装。在某些情况下，您可能想尝试运行最新开发版本。您可以使用以下命令安装此版本：

pip install git+https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize.git#vermouth

请注意，Vermouth和Martinize2（尤其是开发版本）可能包含导致其生成错误拓扑的错误。请仔细检查生成的输出！

Martinize2和Vermouth将mdtraj作为可选依赖项，作为dssp的替代方案。

根据您的Python安装的特定性，pip命令的行为可能会有所不同。有关安装Python包的更多信息，请参阅安装Python包的文档。

基本用法

使用pip安装Martinize2和Vermouth会将martinize2程序添加到研究PATH。您可以通过运行以下命令查看程序的可用选项：

martinize2 -h

目前，martinize2试图重现原始Martinize的界面。您可以在Martini教程中找到如何使用Martinize的解释；在大多数情况下，用martinize2的调用替换martinize.py的调用应该会产生类似的结果。

Vermouth Python库的文档将很快提供。

引用

@article{kroon2022martinize2,
  title={Martinize2 and Vermouth: Unified Framework for Topology Generation},
  author={Kroon, Peter C and Gr{\"u}newald, Fabian and Barnoud, Jonathan and van Tilburg, Marco 
          and Souza, Paulo CT and Wassenaar, Tsjerk A and Marrink, Siewert-Jan},
  journal={arXiv preprint arXiv:2212.01191},
  year={2022}}

文档

更完整的文档，包括API文档，可以在https://vermouth-martinize.readthedocs.io/找到。

许可协议

Martinize2和Vermouth遵循Apache 2.0许可证。

Copyright 2018 University of Groningen

Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
you may not use this file except in compliance with the License.
You may obtain a copy of the License at

	https://apache.ac.cn/licenses/LICENSE-2.0

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distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
See the License for the specific language governing permissions and
limitations under the License.

许可证的全文可在源代码库中找到：https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize/blob/master/LICENSE

贡献

Martinize2和Vermouth的开发在github上完成。欢迎以错误报告和pull请求的形式做出贡献。然而，是否可以在生成的学术论文中获得作者身份的决定留给我们自行决定。