基于C的Python序列比对
项目描述
uta-align 提供了基于C（Cython）的Needleman-Wunsch和Smith-Waterman比对算法
原作者: Kevin Jacobs
重要：目前仅支持Python 3.7（欢迎提交PR！）
安装
从源代码安装
$ python setup.py install
用于开发
安装开发环境
$ make devready
或者
$ python3 -m venv myvenv $ source myvenv/bin/activate $ make setup
激活环境
$ source venv/3.7/bin/activate
（或适合您系统的其他Python版本）
在开发过程中，您需要重新编译任何对.pyx文件的修改，例如
$ pip install -e .
测试它（在当前Python环境中）
$ make test ======================================== test session starts ======================================== platform linux -- Python 3.7.5, pytest-5.3.5, py-1.8.1, pluggy-0.13.1 rootdir: /home/reece/projects/biocommons/uta-align, inifile: setup.cfg, testpaths: tests collected 5 items tests/test_align_algorithms.py . [ 20%] tests/test_align_gap_open.py .. [ 60%] tests/test_cigar_utils.py . [ 80%] tests/test_nw.py . [100%] ========================================= 5 passed in 0.12s =========================================
在多个环境中进行毒性测试
$ make tox GLOB sdist-make: /home/reece/projects/biocommons/uta-align/setup.py py37 inst-nodeps: /home/reece/projects/biocommons/uta-align/.tox/.tmp/package/... ... py37: commands succeeded congratulations :)
关闭
uta-align-0.3.0.tar.gz的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 3b51b0b85ea8da5d7b5a23bdb9c29566304ec7c5ab3e3954a2f461c7f6abfa6c |
|
| MD5 | 35623c09b769a1fdba0f54af86c8940f |
|
| BLAKE2b-256 | d6b500fdbe4f2fb1b734bc5bbc0ae26ae7562b5c202fdd72457d8cf3bdd36b79 |