Tribolium Clustering

这是一个专门用于Tribolium胚胎发育图像分析和数据分析的库。它针对胚胎的染色核和3D成像进行了优化。大多数功能都是其他库的封装，主要是 pyclesperanto，scikit-image，scikit-learn，UMAP 和 HDBSCAN。

目前，一些必需的软件包需要手动通过conda安装。HDBSCAN需要通过以下命令安装：

C:\Users\yourusername>conda install -c conda-forge hdbscan 

同样，pyclesperanto_prototype的先决条件是：需要通过以下命令安装pyopencl

C:\Users\yourusername>conda install -c conda-forge pyopencl

遗憾的是，没有这些软件包的安装，安装将不会成功。

图像分析几乎完全基于pyclesperanto的功能，这需要配备高内存容量的强大GPU才能处理高分辨率文件。如果内存不足，您在使用该库的函数时可能会遇到错误，您需要确保通过以下命令在pyclesperanto中指定您的强大GPU：

import pyclesperanto_prototype as cle

# "GTX" has to be replaced with the identifyer for your main GPU
cle.select_device("GTX")

数据分析基于scikit learn函数以及其他遵循类似约定的外部数据科学算法。基本内容可以在此找到这里。由于这些函数是在一组数据集上开发的，因此可能需要修改这些函数以适应图像分析工作流程，但也可能是数据分析工作流程。