为您的TTTR数据提供最快的流算法
项目描述
🍕 意大利菜馆 🍕
意大利菜馆为您提供分析TTTR数据的最快流算法。我们目前支持以下算法
- 二阶自相关:计算TCSPC的两个通道之间的自相关。
- 三阶自相关:计算3个通道之间的符合事件。提供了一种同步版本,它利用同步通道是周期性和已知的这一事实。
- 强度时间迹线:计算每个(或所有)通道相对于时间的强度。
- 零点查找器:给定两个不相关的通道(例如,位于50/50分束器后面的激光),计算输入通道之间的延迟。
- 寿命:从脉冲激发实验中计算寿命直方图。
支持的文件格式
目前意大利菜馆只能读取PicoQuant的PTU文件。如果您想支持更多或想提供帮助,请在tttr-toolbox项目上提交一个工单。
安装
pip install trattoria
示例
意大利菜馆的入口点是PTUFile类。该类有方法可以访问算法。每个算法都接受一个参数对象作为输入,并返回一个结果对象。有关功能列表的完整说明,请参阅examples
文件夹。
from pathlib import Path
import trattoria
import matplotlib.pyplot as plt
ptu_filepath = Path("/path/to/some.ptu")
ptu = trattoria.PTUFile(ptu_filepath)
timetrace_params = trattoria.TimeTraceParameters(
resolution=10.0,
channel=None,
)
tt_res = ptu.timetrace(timetrace_params)
plt.plot(tt_res.t, tt_res.tt / timetrace_params.resolution)
plt.xlabel("Time (s)")
plt.ylabel("Intensity (Hz)")
plt.show()
示例文件夹包含Trattoria中所有可用功能的示例。有关更多详细信息,请参阅core.py
中的docstrings。
设计
Trattoria只是一个围绕trattoria-core库的非常薄的包装,该库本身提供了对tttr-toolbox库的底层接口。一个Rust项目,提供了编译后的组件,使我们能够快速运行。
变更日志
0.3.5
- 错误修复。由于性能原因,最后1024*16个被忽略。这已经在
tttr-toolbox
上游修复,Trattoria的这个版本使用了升级后的trattoria-core
版本。 trattoria-core
已停止支持Python 3.6和3.7,因此Trattoria也如此。
0.3.4
- g2算法现在支持模式标志。使用"symmetric"时,我们使用算法的推荐版本,该版本返回负延迟和正延迟。"asymmetric"仅返回正延迟,但速度更快。默认为"symmetric"。
0.3.3
- 底层TTTR Toolbox和Trattoria Core已被重构,以支持一次同时处理多个自定义范围或记录。已删除
start_range
和stop_range
,以使用record_ranges
。它接受一个整数元组的列表或None
。
引用
项目详情
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定要选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。
源代码分发
trattoria-0.3.7.tar.gz (7.1 kB 查看哈希值)
构建分发
trattoria-0.3.7-py3-none-any.whl (8.0 kB 查看哈希值)