使用TileDB进行高效存储和检索单细胞数据的Python API
项目描述
概述
这是一个用于与SOMA API规范交互的统一单细胞数据模型的Python实现。
安装
TileDB-SOMA可在PyPI和Conda上获取，并且可以通过以下指示使用pip或mamba安装。
python -m pip install tiledbsoma
mamba install -c conda-forge -c tiledb tiledbsoma-py
安装特定版本
$ python -m pip install git+https://github.com/single-cell-data/TileDB-SOMA.git@0.0.6#subdirectory=apis/python
更新到最新版本
$ python -m pip install --upgrade tiledbsoma
当在较旧的架构上运行时（例如Opteron，非AVX2）出现非法指令错误时，问题在于Conda或PyPI上可用的预编译二进制文件并非针对所有处理器变种。您可以按照以下所示从源代码安装。
要检查是否是此问题，在Linux上
grep avx2 /proc/cpuinfo
如果您的系统为空，则您必须从源代码构建以在该系统上运行TileDB-SOMA。
从源代码
- 这需要
tiledb（请参阅./setup.cfg以获取版本），以及在setup.cfg中指定的其他依赖项。 - 克隆此仓库
- 在您的检出中
cd并然后cd apis/python python -m pip install .- 或者，如果您想修改代码并运行它，
python -m pip install -v -e . - 如果TileDB和TileDB-SOMA库已本地安装到自定义目录，例如
/usr/local，则使用环境变量TILEDB_PATH和TILEDBSOMA_PATH设置路径，TILEDB_PATH=/usr/local python -m pip install -v -e . - 可选地，如果您愿意，可以在
venv中运行它$ python -m venv venv $ . ./venv/bin/activate $ python -m pip install -v -e .
- 在任何情况下
python -m pytest tests
状态
请参阅https://github.com/single-cell-data/TileDB-SOMA/issues。
platform_config格式
在访问SOMA API时，可以使用platform_config参数配置TileDB特定设置。此处描述了TileDB SOMA接受的选项，使用TypeScript接口语法。
interface PlatformConfig {
tiledb?: TDBConfig;
}
interface TDBConfig {
create?: TDBCreateOptions;
}
interface TDBCreateOptions {
dims?: { [dim: string]: TDBDimension };
attrs?: { [attr: string]: TDBAttr };
allows_duplicates?: bool;
offsets_filters?: TDBFilter[];
validity_filters?: TDBFilter[];
capacity?: number;
cell_order?: string;
tile_order?: string;
}
interface TDBDimension {
filters?: TDBFilter[];
tile?: number;
}
interface TDBAttr {
filters?: TDBFilter[];
}
/**
* Either the name of a filter (in which case it will use
* the default arguments) or a specification with filter args.
*/
type TDBFilter = string | TDBFilterSpec;
interface TDBFilterSpec {
/** The name of the filter. */
_name: string;
/** kwargs that are passed when constructing the filter. */
[kwarg: string]: any;
}
开发者信息
请参阅TileDB-SOMA wiki。
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f2d0af33bd3b9a352a03217dfd3f0cb2b8226f75e21a71f996a799897c49b9f2 |
|
| MD5 | 860ce4a7d72da34f234a4100f7323c10 |
|
| BLAKE2b-256 | 56a895fb7f823e9a4fe8f8d68d01b2131b22a329f2d55712229f54de2236c2b6 |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp311-cp311-macosx_11_0_x86_64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 763adef5a2d665e7293e19be5bdbc07c96725402ef21736f8de288d056102879 |
|
| MD5 | 63eb561c79b33261d7b8a61fcb916764 |
|
| BLAKE2b-256 | ea0b24ea0d51c2a62ad7e34a03f090981f27315c1ae567801d8df4b381396944 |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | eea7d7cd8dc8e9dce69acaa4b5f67340c6d369d49ff901f596bc7d58436adfdf |
|
| MD5 | 5a24273018fe840ca7ec7f47e3d8795e |
|
| BLAKE2b-256 | c8ecdbf30ab6139b7aa338cb33d05a120223bf15a307169bc86d013986894eca |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 0191d6ff7c71fdd0d5c0003234f64e8c7e7eda546929f8aa409ef2a763f13abf |
|
| MD5 | e928812d3a4669730ea2c9593d681cf4 |
|
| BLAKE2b-256 | 979d438b3417a4b9c99bfffd6f7725310dfe0fa37467acf0da14f78726668049 |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp310-cp310-macosx_11_0_x86_64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 6fc33f0f067a562b44efaa0d3fe50fae8e34abd298e2fb12aa801eadb1c6a12b |
|
| MD5 | 4246bd89e9a9eb0a940069f0db84150a |
|
| BLAKE2b-256 | 41b7d835eed834495a2b65d31896bde7affa737bdaf85e1e174c5c7c541564f8 |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 4dec53a5bf28ed9de2524aa88f2dc42f1a198ff1b16dc91ead97251df10dfd0f |
|
| MD5 | 16e2adda5e0bf26f3102a23edd615fd8 |
|
| BLAKE2b-256 | 73f118cf30d987ed051511aa645ee5dddb18227ba9a11a4c763ac2996e1142f5 |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 110c39660b4925943647dea4cea7ef3af650d387217bf7bc02ce32f61823f3b3 |
|
| MD5 | d10f751f1a04c8be24785cfdf319a304 |
|
| BLAKE2b-256 | 501c45ec4390fd72058a424659378de3180db43c9cc2fa033c6c68cd9d18666e |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp39-cp39-macosx_11_0_x86_64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9d6a023c54d4bbad26695001ee4a49cde3da82d119378fc7d4dfb9b4a14e170e |
|
| MD5 | 00bf6dca8ee7763da0cda82932bccf55 |
|
| BLAKE2b-256 | fbe22a62ba7e06375c0f168d00bca2604f0fd13de099562c419bae320a7ff577 |
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散列值 for tiledbsoma-1.14.2-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1939b11be5be59b0435c03238d78321ceddcf7b580c4a20d8baddc7d86e49995 |
|
| MD5 | 3d94edd7603404399273ea86479ca63b |
|
| BLAKE2b-256 | ca495440cbda322d51289cd76a15a8da6275b4ff5692ec5336fa163d6626fdc3 |
