使用TileDB高效存储和检索单细胞数据的Python API
项目描述
概述
这是对提出的统一单细胞数据模型的Python实现的一个原型。
安装
使用pip
此代码托管在PyPI上，因此您可以执行以下操作：
python -m pip install tiledbsc
安装特定版本
python -m pip install git+https://github.com/single-cell-data/TileDB-SingleCell.git@0.0.6#subdirectory=apis/python
更新到最新版本
python -m pip install --upgrade tiledbsc
从源安装
- 这需要
tiledb（请参阅./setup.cfg以获取版本），以及setup.cfg中的其他依赖项。 - 克隆此存储库
cd到您的签出目录，然后cd apis/pythonpython -m pip install .- 或者，如果您想修改代码并运行它，请执行
python setup.py develop - 可选地，如果您愿意，可以在
venv中运行该命令
python -m venv venv
. ./venv/bin/activate
python -m pip install .
- 在任何情况下
python -m pytest tests
状态
请参阅https://github.com/single-cell-data/TileDB-SingleCell/issues。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源代码分发
本发行版没有可用的源代码分发文件。请参阅生成分发存档的教程。
构建的分发
tiledbsc-0.1.11-py3-none-any.whl (65.2 kB 查看哈希值)