TileDB-CLI

TileDB-CLI是TileDB存储引擎的分层命令行界面。

安装

可以使用pip安装TileDB-CLI

pip install tiledb-cli

对于开发模式，在顶级目录中运行

pip install .[dev]

这将创建tiledb（在/usr/local/bin中，或者如果您使用的是venv或conda，则是其他特定路径），您可以运行它。

命令

所有命令均以tiledb开头，并分为以下子组

• cloud：执行TileDB Cloud任务。
• convert_from：将数据转换为和从TileDB数组以及其他常见文件格式。
• consolidate：合并TileDB数组片段、片段元数据或数组元数据。
• dump：输出关于TileDB数组的信息。
• fragments：对TileDB数组片段执行各种任务。
• vacuum：清除已合并的TileDB数组片段、片段元数据或数组元数据。

cloud

• array
  • register：将数组注册到TileDB云服务。
  • deregister：从TileDB云服务中注销数组。这不会物理删除数组。它将保留在您的存储桶中。将删除对数组及其元数据的所有访问。
  • share：将TileDB数组共享给给定命名空间中的用户。至少必须提供一个权限标志。
  • unshare：撤销对给定命名空间中用户对TileDB数组的访问。
• 导出
  • 活动：导出位于 TileDB uri 的数组的活动数组。
  • 数组：列出 TileDB 用户账户中数组的属性及其关联值。
  • 组织：列出用户账户所属的每个组织的属性及其关联值。
  • 配置文件：输出当前登录命名空间的配置文件信息。
  • 任务：列出来自 TileDB 云的最后任务。
• 登录：使用给定的凭据登录 TileDB 云，凭据可以是令牌或用户名。默认情况下，凭据从环境变量 TILEDB_REST_TOKEN 中读取。
• 重试任务：重试运行具有给定 ID 的任务。

从...

• csv：将 csv_file 转换为 TileDB 数组。

合并

• 数组元数据：合并数组中的数组元数据。
• 片段元数据：合并数组中的片段。
• 片段：合并数组中的片段。

导出

• 数组：输出 TileDB 数组的数据。
• 配置：输出 TileDB 的默认配置参数和值。
• 片段：输出 TileDB 数组的片段信息。
• mbrs：输出稀疏 TileDB 数组的最小边界矩形。
• 元数据：输出 TileDB 数组的元数据。
• 非空域：输出 TileDB 数组的非空域。
• 模式：输出 TileDB 数组的模式。
• 版本：输出嵌入式库和 Python 包的版本信息。

片段

• 复制：将已存在的数组中的片段范围复制到另一个数组中。
• 删除：从数组中删除片段范围。

真空

• 数组元数据：清除数组中已合并的数组元数据。
• 片段元数据：清除数组中已合并的片段。
• 片段：清除数组中已合并的片段。

基本用法

从 CSV 文件创建数组。

> cat example.csv
a,b
1,dog
2,cat
8,bird
20,elephant
> tiledb convert-from csv example.csv example.tdb

输出数组的模式。

> tiledb dump schema example.tdb
ArraySchema(
  domain=Domain(*[
    Dim(name='__tiledb_rows', domain=(0, 3), tile='3', dtype='uint64'),
  ]),
  attrs=[
    Attr(name='a', dtype='int64', var=False, nullable=False),
    Attr(name='b', dtype='<U0', var=True, nullable=False),
  ],
  cell_order='row-major',
  tile_order='row-major',
  capacity=10000,
  sparse=False,
)

从数组中输出数据。

> tiledb dump array example.tdb 0:4
OrderedDict([('__tiledb_rows', array([0, 1, 2, 3], dtype=uint64)),
             ('a', array([ 1,  2,  8, 20])),
             ('b', array(['dog', 'cat', 'bird', 'elephant'], dtype=object))])