THAPBI Phytophthora ITS1分类器工具（PICT）。
项目描述
THAPBI Phytophthora ITS1分类器工具（PICT）
关于
THAPBI PICT是英国资助的树木健康和植物生物安全倡议（THAPBI）的Phyto-Threats项目的一个基于序列的诊断/分析工具，最初专注于识别在Illumina测序环境样本中存在的Phytophthora物种。
Phytophthora（来自希腊语，意为植物破坏者）物种是农业和林业中重要的植物病原体。ITS1代表内转录间隔区1，是核糖体基因18S和5.8S之间的真核生物基因组区域。这通常用于分子条形码，其中测序这个短区域可以识别物种。
通过适当的引物设置和自定义的全长标记数据库，THAPBI PICT可以应用于其他生物体和/或条形码标记序列——不仅仅是Phytophthora ITS1。它需要重叠的配对末端Illumina读数，这些读数可以合并以覆盖完整的扩增子标记。不支持较长的标记或破碎的扩增子。内部它通过跟踪独特的扩增子序列变异（ASVs），使用MD5校验和作为标识符来工作。
工作示例包括卵菌纲、真菌、鱼类、蝙蝠和植物，涵盖了ITS1、ITS2、12S、16S、COI等标记。主要标准是具有已知物种组成的模拟群落。
安装
我们建议使用Conda打包系统，通过BioConda频道在Linux或macOS上安装此工具，该频道将处理所有依赖项。
$ conda install thapbi-pict或者，在Windows上，由于软件位于Python包索引（PyPI）上，以下命令将安装它及其Python依赖项
$ pip install thapbi-pict然而，在这种情况下，您仍需要安装各种外部命令行工具。有关更多详细信息（尤其是Windows），请参阅INSTALL.rst，如果您想修改软件，请阅读CONTRIBUTING.rst。
快速入门
安装完成后，您应该能够在命令行中使用以下命令运行此工具
$ thapbi_pict这应该会自动找到已安装的Python代码副本。使用thapbi_pict -v报告版本，或使用thapbi_pict -h获取帮助。
文档
该工具文档由Read The Docs托管，并自动从docs文件夹生成。
文档包括对examples文件夹中样本数据集的更详细讨论（这些数据集基于已发表的数据集）。
引用
如果您在您的作品中使用了THAPBI PICT，请引用我们的PeerJ论文，并给出版本和方法中使用的任何非默认设置的详细信息。
Cock等人（2023）“THAPBI PICT -一个快速、谨慎且准确的宏条形码分析管道”PeerJ 11：e15648 https://doi.org/10.7717/peerj.15648
您还可以通过Zenodo具体引用软件，Zenodo提供特定版本的DOIs，以及https://doi.org/10.5281/zenodo.4529395，这是最新版本。
资金
最初的工作从2016年到2019年得到了树健康和植物生物安全倡议（THAPBI）植物威胁项目支持。
这项研究得到了英国生物技术与生物科学研究理事会（BBSRC）、环境、食品和农村事务部（DEFRA）、经济和社会研究理事会（ESRC）、林业委员会（FC）、自然环境研究理事会（NERC）和苏格兰政府（Scottish Government）的共同资助，在树健康和植物生物安全倡议下，资助编号BB/N023463/1。
2020年到2021年的工作部分得到了Euphresco项目“在欧盟和第三国苗圃和贸易植物中早期检测疫霉”（ID-PHYT）的支持。
作为支持Euphresco ID-PHYT的未来保障植物健康项目的一部分，由DEFRA资助。
2022年到2027年的工作部分得到了苏格兰政府农村和自然环境科学与分析服务部（RESAS）的支持。
背景
THAPBI PICT继续了之前的工作，包括
发行历史
请参阅CHANGELOG.rst文件。
开发笔记
请参阅文件 CONTRIBUTING.rst，以了解开发设置的详细信息，包括 Python 风格约定、git 预提交钩子、持续集成和测试覆盖率以及发布流程。
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装包 的更多信息。
源代码分发
构建分发
thapbi_pict-1.0.16.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 85cf6d180db38166bb7ccd14af8c3813e2b3fa0d5026cac76bce8867492563f7 |
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thapbi_pict-1.0.16-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 21bdd9da26968da1a253cd8bccc79ae9799c6d57307134ad08e8c1f94d0a3953 |
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