tedana: TE依赖性分析

TE-dependent analysis (tedana) 是一个用于降噪多回波功能性磁共振成像 (fMRI) 数据的 Python 库。 tedana 最初是作为 ME-ICA 管道的一部分产生的，尽管它现在已经分叉。一个重要的区别是，虽然 ME-ICA 管道最初执行了多回波 fMRI 数据的预处理和 TE 相关分析，但现在 tedana 假设您正在使用已经预先处理过的数据。

更多信息和支持文档可以在 https://tedana.readthedocs.io 找到。

引用 tedana

如果您使用 tedana，请引用以下论文，以及我们的 最新 Zenodo 发布版

• DuPre, E. M.，Salo, T.，Ahmed, Z.，Bandettini, P. A.，Bottenhorn, K. L.，Caballero-Gaudes, C.，Dowdle, L. T.，Gonzalez-Castillo, J.，Heunis, S.，Kundu, P.，Laird, A. R.，Markello, R.，Markiewicz, C. J.，Moia, S.，Staden, I.，Teves, J. B.，Uruñuela, E.，Vaziri-Pashkam, M.，Whitaker, K.，& Handwerker, D. A. (2021). 使用 tedana 进行多回波 fMRI 的 TE 相关分析。 Journal of Open Source Software，6(66)，3669. doi:10.21105/joss.03669。
• Kundu, P.，Inati, S. J.，Evans, J. W.，Luh, W. M.，& Bandettini, P. A. (2011). 使用多回波 EPI 区分 fMRI 中的 BOLD 和非 BOLD 信号。 NeuroImage，60，1759-1770。
• Kundu, P.，Brenowitz, N. D.，Voon, V.，Worbe, Y.，Vértes, P. E.，Inati, S. J.，Saad, Z. S.，Bandettini, P. A.，& Bullmore, E. T. (2013). 使用多回波 fMRI 改善功能性连接映射的综合策略。 Proceedings of the National Academy of Sciences，110，16187-16192。

安装

使用 tedana 与您的本地 Python 环境

您需要设置一个工作开发环境来使用 tedana。要设置本地环境，您需要 Python >=3.8，并且需要安装以下包

• numpy
• scipy
• scikit-learn
• nilearn
• nibabel
• mapca

然后您可以使用以下命令安装 tedana

pip install tedana

为 tedana 创建 miniconda 环境

在使用 tedana 时，您可以可选地配置 conda 环境。

我们建议使用 miniconda3。安装后，您可以使用以下命令为 tedana 创建环境

conda create -n ENVIRONMENT_NAME python=3 pip mdp numpy scikit-learn scipy
conda activate ENVIRONMENT_NAME
pip install nilearn nibabel
pip install tedana

tedana 将随后可在您的路径中使用。这将还允许之前存在的 tedana 安装保持不变。

要退出此 conda 环境，请使用

conda deactivate

注意：Conda < 4.6 用户需要在激活和关闭步骤中使用即将被弃用的 source 选项而不是 conda。您可以在 此处 了解更多关于管理 conda 环境和这一差异的信息。

您可以通过启动 Python 实例并运行来确认 tedana 是否成功安装

import tedana

您可以通过命令行界面 (CLI) 使用以下命令检查它是否可用

tedana --help

如果没有错误发生，说明 tedana 已正确安装在您的环境中！

作为开发者使用和贡献 tedana

如果您旨在为 tedana 代码库和/或文档做出贡献，请首先阅读我们在 贡献部分 的开发人员安装说明。然后您可以继续设置您首选的开发环境。

参与进来

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贡献者

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Logan Dowdle 💻 💬 🎨 🐛 👀	Elizabeth DuPre 💻 📖 🤔 🚇 👀 💡 ⚠️ 💬	Marco Flores-Coronado 🤔 📖	Javier Gonzalez-Castillo 🤔 💻 🎨	Dan Handwerker 🎨 📖 💡 👀 💻
Prantik Kundu 💻 🤔	Ross Markello 💻 🚇 💬	Pete Molfese 💻	Neha Reddy 🐛 📖 🤔 💬 👀	Taylor Salo 💻 🤔 📖 ✅ 💬 🐛 ⚠️ 👀
Joshua Teves 📆 📖 👀 🚧 💻	Kirstie Whitaker 📖 📆 👀 📢	Monica Yao 📖 ⚠️	Stephan Heunis 📖	Benoît Béranger 💻
Eneko Uruñuela 💻 👀 🤔	Cesar Caballero Gaudes 📖 💻	Isla 👀	mjversluis 📖	Maryam 📖
aykhojandi 📖	Stefano Moia 💻 👀 📖	Zaki A. 🐛 💻 📖	Manfred G Kitzbichler 💻	giadaan 📖
Basile 💻	Chris Markiewicz 💻	Sarah Goodale 📖 🤔 💬	Maitane Martinez Eguiluz 💻	Marta Arbizu Gómez 💻
Matteo Visconti di Oleggio Castello 💻 🐛 📖	Robert Smith 💻 🎨 🤔 👀	Bahman 💻 🎨 🤔

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