tap-clinicaltrials

Singer tap for ClinicalTrials.gov study records data.

Built with the Meltano Tap SDK for Singer Taps.

功能

• 目录
• 状态
• 发现
• 关于
• 流映射

设置

通过运行： tap-clinicaltrials --about 可获得支持的设置和功能的完整列表。

安装

在 Meltano 项目中

使用直接引用

meltano add extractor tap-clinicaltrials --from-ref=https://raw.githubusercontent.com/edgarrmondragon/tap-clinicaltrials/main/plugin.yaml

需要 Meltano v3.1.0+。

从 MeltanoHub

尚不可用。

从 PyPI

python3 -m pip install --upgrade tap-clinicaltrials

使用 pipx

pipx install tap-clinicaltrials

从源代码

git clone https://github.com/edgarrmondragon/tap-clinicaltrials
cd tap-clinicaltrials
python3 -m pip install .

使用方法

您可以通过使用 Meltano 在单独或管道中轻松运行 tap-clinicaltrials。

使用 Meltano

1. 克隆存储库并将其 cd 到其中

   git clone https://github.com/edgarrmondragon/tap-clinicaltrials.git
   cd tap-clinicaltrials
   

2. 确保您已安装 Meltano

3. 安装所有插件

   meltano install
   

4. 配置 tap-clinicaltrials tap

   meltano config tap-clinicaltrials set start_date '2020-01-01'
   meltano config tap-clinicaltrials set condition 'COVID-19'
   meltano config tap-clinicaltrials set sponsor 'Pfizer'
   

5. 运行测试 tap-clinicaltrials 提取

   meltano run tap-clinicaltrials target-duckdb
   

6. 就这样！检查数据

   $ duckdb output/warehouse.duckdb -c "select nctid, lastUpdateSubmitDate, protocolsection->>'$.identificationModule.briefTitle' from clinicaltrials.studies limit 5;
   ┌─────────────┬──────────────────────┬─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
   │    nctid    │ lastupdatesubmitdate │                      (protocolsection ->> '$.identificationModule.briefTitle')                      │
   │   varchar   │       varchar        │                                               varchar                                               │
   ├─────────────┼──────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
   │ NCT06156215 │ 2023-12-06           │ PROmotion of COVID-19 BOOSTer VA(X)Ccination in the Emergency Department - PROBOOSTVAXED            │
   │ NCT05487040 │ 2023-12-06           │ A Study to Measure the Amount of Study Medicine in Blood in Adult Participants With COVID-19 and …  │
   │ NCT06163677 │ 2023-12-07           │ A Study to Look at the Health Outcomes of Patients With COVID-19 and Influenza.                     │
   │ NCT05032976 │ 2023-12-07           │ Korea Comirnaty Post-marketing Surveillance                                                         │
   │ NCT05596734 │ 2023-12-11           │ A Study to Evaluate the Safety, Tolerability, and Immunogenicity of Combined Modified RNA Vaccine…  │
   └─────────────┴──────────────────────┴─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
   

直接执行 Tap

tap-clinicaltrials --version
tap-clinicaltrials --help
tap-clinicaltrials --config CONFIG --discover > ./catalog.json

开发者资源

初始化您的开发环境

pipx install hatch

创建和运行测试

运行集成测试

hatch run test:integration

您还可以直接测试 tap-clinicaltrials CLI 接口

hatch run sync:console -- --about --format=json

SDK 开发指南

请参阅开发指南，了解如何使用 SDK 开发自己的 taps 和 targets。