synaptogram 0.0.5

LIF文件的命名规范

单个耳蜗的所有Z-stack应存储在单个LIF文件中。文件应以标识符（例如，动物ID和耳）命名，后跟按成像顺序排列的每个通道的标签。例如

B009-8L-GluR2-CtBP2-MyosinVIIa

在文件内部，部件必须从基座（钩）到顶端依次编号。如果需要多个图像来表示一个部件，则使用字母作为后缀（即，“piece_2a”，“piece_2b”等）。由于程序将根据文件中存储的阶段坐标自动对齐它们，因此对单个部件的图像标签顺序无关紧要。

要排除一个图像，请在堆栈名称的开头添加下划线，例如

_piece_2a_high_power

CZI数据的命名规范

单个耳蜗的所有Z-stack应存储在单个文件夹中。文件夹应以标识符（例如，动物ID和耳）命名，后跟按成像顺序排列的每个通道的标签。例如

B009-8L-GluR2-CtBP2-MyosinVIIa

在文件夹内部，每个Z-stack应从基座（钩）到顶端依次编号。如果需要多个图像来表示一个部件（例如，因为你没有使用拼接模式），则使用字母作为后缀（即，“piece_2a”，“piece_2b”等）。由于程序将根据文件中存储的阶段坐标自动对齐它们，因此对单个部件的图像标签顺序无关紧要。以下是文件夹中可能找到的文件名示例

BP1-FL_piece_1.czi
BP1-FL_piece_2.czi
BP1-FL_piece_3.czi
BP1-FL_piece_4a.czi
BP1-FL_piece_4b.czi
BP1-FL_piece_5.czi

在《piece》前后下的下划线很重要。这些部件应按顺序编号，从钩（从1开始）到顶点。如果视野太小，无法捕捉到整个部件，并且您未使用拼接，则可以在部件编号后添加字母后缀（例如，“a”，“b”等）。

要排除图像，请在文件名开头添加下划线，例如。

_BP1-FL_piece_5.czi

缺少的部件

如果缺少部件，您可以从另一个文件（对于LIF文件，您可以使用LAS X Office）复制匹配部件的图像堆栈。要表示该部件是复制的，它必须具有后缀 _copied_<note>。例如，如果您从B009-8L复制piece_4a和piece_4b到包含B021-3L数据的文件/文件夹中，复制的图像应命名为“piece_4a_copy_B009-8L”和“piece_4b_copy_B009-8L”。注释将出现在为频率图生成的组合中。

鼠标交互

左键点击

选择拼接

左键点击 + 拖动

平移图像

鼠标滚轮

放大/缩小

键盘快捷键

t

切换到拼接模式

i

切换到IHC模式

1

切换到OHC1模式

2

切换到OHC2模式

3

切换到OHC4模式

4

切换到额外模式

s

选择螺旋工具

e

选择排除工具

c

选择细胞工具

n

选择下一个拼接（仅拼接模式）

p

选择上一个拼接（仅拼接模式）

箭头键

箭头键的行为将取决于是否选中拼接模式。如果选中拼接模式，则箭头键将移动拼接。如果选中任何其他模式，则箭头键将平移图像（这在螺旋或细胞模式下放大时很有用，可以移动耳蜗）。要更小地移动拼接（或平移图像），同时按住shift键。

分析

分析需要以下步骤

• 将拼接对齐，使其尽可能准确地重叠。

• 在每个毛细胞行中追踪螺旋。

• 标记单个毛细胞。

• 标记包含不可解释数据的区域。

提供了工具以简化每个步骤。在进入下一步之前，请确保您对当前步骤的结果满意。虽然您可以返回并编辑前面的步骤，但这可能会影响您的分析（例如，如果标记毛细胞后需要移动拼接，您可能需要手动编辑大量毛细胞）。

拼接模式

首先从编辑按钮中选择“拼接”，然后左键点击以选择未对齐的拼接。使用箭头键，您可以移动拼接，直到它与其他拼接正确对齐。如果需要以更小的步骤移动拼接，请同时按住shift键和箭头键。打开“突出显示选中”可能有所帮助，以便您获得透明覆盖。在“突出显示选中”模式下，当前选中的拼接将以红色边框显示。

左键点击

选择拼接

鼠标滚轮

放大/缩小

箭头键

移动当前选中的拼接（大步骤）

shift + 箭头键

移动当前选中的拼接（小步骤）

n

选择下一个拼接

p

选择上一个拼接

提供了“对齐拼接”工具以简化此步骤。它使用自动算法尝试根据图像之间的相关性（使用肌球蛋白VIIa通道）对齐拼接。

螺旋模式

一旦您对瓷砖的对齐满意，请从编辑按钮中选择“IHC”，并确保编辑按钮右侧的螺旋工具被选中。您标记的第一个点应该是面对耳蜗最基底区域的毛细胞行的末端。此点将以红色圆圈突出显示。如果您意识到自己犯了错误，您可以在螺旋模式下通过控制+右键单击该点来选择不同的点作为螺旋的起点。

您必须选择至少四个点来创建螺旋。您可以在现有点和螺旋之间添加点，螺旋将通过这些点重新路由。算法假定路径中的“下一个”点是距离它最近的点（即，添加点的顺序无关紧要）。

重复此过程为OHC1、OHC2和OHC3。请确保螺旋将核（IHC）或表皮板（OHC）切成两半，这将有助于程序实现半自动算法，以帮助标记毛细胞。

右键单击

添加点

Shift + 右键单击

移除点

Control + 右键单击

将点设置为螺旋的原点

细胞模式

标记螺旋后，运行算法以自动检测细胞。您可以调整设置（每次运行时，它将删除现有细胞并创建新的细胞）。您可能需要手动编辑自动检测到的细胞。选择细胞工具，然后使用右键单击添加细胞，使用Shift + 左键单击删除细胞。

右键单击

添加细胞

Shift + 右键单击

移除细胞

偶尔会有第四行的OHC。这些应该通过选择您要编辑的细胞的“额外”来手动识别，然后使用细胞工具添加细胞。由于第四行通常非常短，因此不能标记螺旋或标记为排除的区域。

排除模式

最后，逐行检查毛细胞。如果您觉得某个区域无法正确解释，请选择排除工具。在区域一端右键单击螺旋，然后在您想要排除的区域另一端再次右键单击。

右键单击

开始区域。再次单击以结束区域。

Shift + 右键单击

删除鼠标光标下的区域。

Esc

取消当前区域。

一些额外的工具被提供以简化此过程

• 您可以将所有OHC螺旋的排除区域合并为单个排除区域集，该区域集适用于所有OHC螺旋（合并OHC排除按钮）。

• 您可以使用简化排除按钮简化特定螺旋的排除区域集，如果它们重叠（这将重叠的排除区域合并为单个排除区域）。