surforama

一个基于napari的工具，用于在napari中使用表面探索体积数据

灵感来源于 membranorama

安装

surforama需要napari查看器。如果您希望一次性安装napari和surforama，可以使用以下命令

pip install "surforama[napari]"

如果您已经安装了napari，您可以直接在相同的环境中安装surforama

pip install surforama

使用方法

使用示例数据启动

如果您想测试surforama，可以使用示例数据启动surforama

surforama --demo

无数据启动

您可以使用命令行界面启动surforama。安装surforama后，您可以在终端使用以下命令启动它

surforama

启动surforama后，您可以将您的图像和网格加载到napari中，开始冲浪！

使用数据启动

如果您有一个MRC格式的断层扫描和obj格式的网格，可以使用以下命令启动：

surforama --image-path /path/to/image.mrc --mesh-path /path/to/mesh.obj

开发者安装

如果您想修改surforama的源代码，可以使用以下方法通过开发者工具安装surformama：

cd /path/to/your/surforama/source/code/folder
pip install -e ".[dev]"

我们使用pre-commit来保持代码整洁。安装pre-commit钩子以激活检查

pre-commit install