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用于自动跟踪基于计算的科学项目的工具

项目描述

关于Sumatra

Sumatra是一个用于管理和跟踪基于数值模拟和/或分析的项目工具,旨在支持可重复的研究。它可以被视为计算项目的自动化电子实验笔记本。

它包括

  • 一个用于启动模拟/分析并自动记录实验信息的命令行接口smt,可以注释这些记录,链接到数据文件等。

  • 一个内置Web服务器的网络界面smtweb,用于浏览和注释模拟/分析结果。

  • 一个Python API,smt和smtweb都是基于它的,可以用于您自己的脚本中代替smt,或者可以集成到基于GUI的应用程序中。

Sumatra目前是测试版代码,应谨慎使用并经常备份您的记录。

有关文档,请参阅http://packages.python.org/Sumatra/http://neuralensemble.org/sumatra/

功能

  • 启动模拟和分析,并记录各种信息,包括

    • 可执行文件(标识符,版本)

    • 脚本(标识符,版本)

    • 参数

    • 持续时间(执行时间)

    • 控制台输出

    • 链接到所有由模拟/分析产生的数据(无论在文件中,数据库中等)

    • 进行模拟/分析的原因

    • 模拟/分析的结果

  • 允许浏览/搜索/可视化先前实验的结果

  • 允许重新运行先前的模拟/分析,并自动验证结果未改变

  • 启动单个或批量实验,串行或并行

需求

Sumatra需要Python版本2.6、2.7或3.4。Web界面需要Django(>=1.6)和django-tagging包。Sumatra要求您在自己的代码中使用版本控制系统(目前支持Subversion、Mercurial、Git和Bazaar)。如果您已经在使用Bazaar,则无需安装其他内容。如果您正在使用Subversion,则需要安装pysvn包。如果您使用Git,则需要安装git-python绑定,对于Mercurial,则需要安装hg-api。

安装

以下说明适用于Unix、Mac OS X。它们可能在Windows上也能工作,但尚未经过彻底测试。

如果您已下载源代码包,Sumatra-0.7.3.tar.gz

$ tar xzf Sumatra-0.7.3.tar.gz
$ cd Sumatra-0.7.3
# python setup.py install

最后一步可能需要以root身份执行。

或者,您可以直接从Python包索引安装

$ pip install sumatra

或者

$ easy_install sumatra

您还需要安装您使用的版本控制系统的Python绑定,例如

$ pip install gitpython $ pip install mercurial hgapi

代码状态

Unit Test Status Code coverage

项目详情


下载文件

下载您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。

源代码发行版

Sumatra-0.7.4.tar.gz (2.1 MB 查看散列)

上传时间 源代码

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