用于材料科学的原子结构构建、分析和可视化
项目描述
structuretoolkit
最初作为 pyiron_atomistics 模块的一部分开发，structuretoolkit 作为独立的库发布，用于分析、构建和可视化原子结构。内部使用 ase.atoms.Atoms 类在 Python 中表示原子结构。《structuretoolkit》集成在 pyiron_atomistics 中。
免责声明
structuretoolkit 目前处于开发中。
示例
import structuretoolkit as stk
from ase.build import bulk
structure = bulk("Al", cubic=True)
stk.analyse.get_adaptive_cna_descriptors(structure)
stk.plot3d(structure)
功能
分析
stk.analyse.get_neighbors()stk.analyse.get_neighborhood()stk.analyse.get_equivalent_atoms()stk.analyse.get_steinhardt_parameters()stk.analyse.get_centro_symmetry_descriptors()stk.analyse.get_diamond_structure_descriptors()stk.analyse.get_adaptive_cna_descriptors()stk.analyse.get_voronoi_volumes()stk.analyse.find_solids()stk.analyse.get_mean_positions()stk.analyse.get_average_of_unique_labels()stk.analyse.get_interstitials()stk.analyse.get_layers()stk.analyse.get_voronoi_vertices()stk.analyse.get_voronoi_neighbors()stk.analyse.get_delaunay_neighbors()stk.analyse.get_cluster_positions()stk.analyse.get_strain()
构建
stk.build.get_grainboundary_info()stk.build.grainboundary()stk.build.high_index_surface()stk.build.get_high_index_surface_info()stk.build.sqs_structures()stk.build.pyxtal()stk.build.B2()stk.build.C14()stk.build.C15()stk.build.C36()stk.build.D03()
可视化
stk.visualize.plot3d()
通用
stk.common.ase_to_pymatgen()stk.common.pymatgen_to_ase()stk.common.pymatgen_read_from_file()stk.common.ase_to_pyscal()stk.common.apply_strain()stk.common.center_coordinates_in_unit_cell()stk.common.get_extended_positions()stk.common.get_vertical_length()stk.common.get_wrapped_coordinates()stk.common.select_index()
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 24a46aba9f7e77972afe7ef821501f64763ab7ce1c6ac3620ccbc9c44580952d |
|
| MD5 | 4b726c5557f90ce3bfa4ae6995b8046f |
|
| BLAKE2b-256 | 95b13e998e0a6b07d32ba698e7afbe27f3f71b69d8e2ef20249eb7bf5aa15065 |