STAPLE分割算法的实现

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Simultaneous Truth and Performance Level Estimation (STAPLE) 算法的Python实现，用于从一组二值分割中生成地面实况体积。

STAPLE算法在 S. Warfield, K. Zou, W. Wells, Validation of image segmentation and expert quality with an expectation-maximization algorithm in MICCAI 2002: Fifth International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Springer-Verlag, Heidelberg, Germany, 2002, pp. 298-306 中进行了描述。

安装

$ pip install staple

用法

$ staple seg_1.nii.gz seg_2.nii.gz seg_3.nii.gz result.nii.gz

注意事项

  • SimpleITK实现对于 测试图像 大约快16倍（0.7秒比11.8秒）。这个存储库中的实现主要是为了教育目的。

  • 未实现马尔可夫随机场（MRF）后处理（ITK版本中也没有实现）。如果您需要带有MRF的STAPLE，请查看Jorge Cardoso的 NiftySeg。

致谢

此包是用 Cookiecutter 和 audreyr/cookiecutter-pypackage 项目模板创建的。

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