SplineDist：使用样条曲线进行自动细胞分割

此存储库包含SplineDist的实现，这是一个使用样条曲线进行自动细胞分割的机器学习框架。该手稿已被ISBI 2021接受。当前状态的代码允许重现论文实验，但仍处于开发中。我们目前正在努力将其打包成干净和优化的形式。在此期间，我们鼓励感兴趣的最终用户联系我们获取更多信息和技术支持。

概述

SplineDist是为在生物图像中进行实例分割而设计的。我们的方法是通过扩展流行的StarDist框架来构建的。我们的存储库依赖于高质量的StarDist存储库。我们鼓励用户探索StarDist存储库以了解StarDist方法的更多详细信息。

StarDist模型使用星凸多边形表示对象，而SplineDist则将对象建模为参数化样条曲线。由于我们的表示更为通用，因此还可以建模非星凸对象，并有可能进行进一步的结构形状统计分析。

需求

1. Tensorflow

2. StarDist 0.6.2（可以使用pip安装：pip install stardist==0.6.2）

使用说明

此仓库包含三个使用说明笔记本，用于数据探索、训练和推理任务。

数据集

SplineDist手册中使用的合成数据集可在此处找到：这里。该数据集包含主要为星凸和部分非星凸的细胞样对象。