用于分析、可视化和比较神经元尖峰排序输出的Python工具包
项目描述
SpikeInterface：尖峰排序的统一框架
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:rocket::rocket::rocket: 新功能！：经过数月的开发和测试，我们很高兴地宣布，最新版本（0.101.0）包括一个主要的API改进：
SortingAnalyzer！有关我们为何这么做的原因，请查看 SpikeInterface增强提案。请遵循此指南从旧API过渡到新API： 从旧版更新。
SpikeInterface是一个Python框架，旨在将现有的尖峰排序技术统一到一个代码库中。
请Star该项目以支持我们，并通过Watch来保持最新状态！
使用SpikeInterface，用户可以
- 读取/写入多种细胞外文件格式。
- 预处理细胞外记录。
- 运行多种流行的半自动神经元分类器（也支持Docker/Singularity容器）。
- 后处理分类数据集。
- 比较和基准测试神经元分类输出。
- 计算质量指标以验证和整理神经元分类输出。
- 以多种方式可视化记录和神经元分类输出（matplotlib、sortingview、jupyter、ephyviewer）
- 导出报告和/或导出到phy
- 提供基于Qt的强大查看器，作为单独的包spikeinterface-gui
- 拥有强大的分类组件，可构建自己的分类器。
文档
有关SpikeInterface最新PyPI版本的详细文档，请参阅此处。
有关SpikeInterface开发版本的详细文档，请参阅此处。
有关入门教程，请参阅spiketutorials。
查看我们的YouTube频道，获取视频教程：SpikeInterface YouTube频道。
我们博客上也有一些有用的笔记本，涵盖了高级基准测试和分类组件。
您还可以查看spikeinterface-gui。
如何安装spikeinterface
您可以使用pip安装最新版本的spikeinterface（使用引号确保pip install在所有终端/shells中工作）
pip install "spikeinterface[full]"
[full]选项安装所有子模块的所有额外依赖项。
要安装所有交互式小部件后端，可以使用
pip install "spikeinterface[full,widgets]"
要从源安装最新更新，可以使用
git clone https://github.com/SpikeInterface/spikeinterface.git
cd spikeinterface
pip install -e .
cd ..
引用
如果您在研究中发现SpikeInterface很有用，请引用
@article{buccino2020spikeinterface,
title={SpikeInterface, a unified framework for spike sorting},
author={Buccino, Alessio Paolo and Hurwitz, Cole Lincoln and Garcia, Samuel and Magland, Jeremy and Siegle, Joshua H and Hurwitz, Roger and Hennig, Matthias H},
journal={Elife},
volume={9},
pages={e61834},
year={2020},
publisher={eLife Sciences Publications Limited}
}
请还引用您使用的特定组件的相关其他论文。有关完整参考文献列表，请参阅参考文献页面。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源分布
spikeinterface-0.101.2.tar.gz (726.0 kB 查看哈希值)
构建版本
spikeinterface-0.101.2-py3-none-any.whl (924.7 kB 查看哈希值)
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spikeinterface-0.101.2.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a538fdce2601556baaba0e1caa2fcfce3b840f755bba69437a7a0a29601114d8 |
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| MD5 | aed17600c0004f58686a417d74bdcd6c |
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| BLAKE2b-256 | 360a66ea1ca2d126323491349abafee7adba604abbff2c46c7176f33fe855e50 |
关闭
spikeinterface-0.101.2-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f6f429dbe93983709e82a140da6ece9a8597080d386289f1293cc8d43730244a |
|
| MD5 | b67fd38b4db997b6bee641bbb233afe0 |
|
| BLAKE2b-256 | f23b032619691b06d1916611457567fc3095c757df8d4ae29ad626c29c2d3097 |