SpatialData IO通用技术
项目描述
spatialdata-io：将常用格式加载到SpatialData的便捷读取器
本软件包包含读取器函数，将常用空间组学格式加载到SpatialData。目前，我们支持以下格式：
- 10x Genomics Visium®
- 10x Genomics Visium HD®
- 10x Genomics Xenium®
- Akoya PhenoCycler® (原名 CODEX®)
- Curio Seeker®
- DBiT-seq
- MCMICRO (输出数据)
- NanoString CosMx®
- Spatial Genomics GenePS® (seqFISH)
- Steinbock (输出数据)
- STOmics Stereo-seq®
- Vizgen MERSCOPE® (MERFISH)
注意：所有提及的技术都是各自公司注册的商标。
入门
请参阅文档。特别是
安装
您需要在系统上安装 Python 3.8 或更高版本。如果您没有安装 Python，我们建议安装 Miniconda。
安装 spatialdata-io 有几种替代方案
- 从 PyPI 安装 spatialdata-io 的最新版本
pip install spatialdata-io
- 安装最新开发版本
pip install git+https://github.com/scverse/spatialdata-io.git@main
联系
如果您有任何疑问或需要帮助，可以在 scverse 论坛 上联系。如果您发现了一个错误，请使用 问题跟踪器。
第三方库的读取器
可以使用第三方库读取到 SpatialData 对象中的技术
- METASPACE (MALDI, ...): metaspace-converter
- PhenoCycler®: SOPA
- MACSima®: SOPA
- Hyperion® (成像质谱分析): SOPA
免责声明
此库由社区维护，并非上述空间技术公司官方支持。因此，我们无法保证其表示的正确性。此外，由于技术和格式的演变，我们无法确保每个数据版本读取器的正确性。如果您发现错误或数据表示不当，请通过我们的 错误跟踪系统 报告，以便维护者或社区解决。
引用
Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, K.A. et al. SpatialData: an open and universal data framework for spatial omics. Nat Methods (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 212f884794274ce1cf6bed22f4060bdde119f551c63a15c4c5bcf09da1718837 |
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spatialdata_io-0.1.5-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7a01d61e8f7ff4681cac3332254b00d7a629f55df2078e0931f645173a3651bb |
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