空间数据格式。
项目描述
SpatialData：一个开放且通用的空间组学数据处理框架。
SpatialData是一个数据框架，包括一个FAIR存储格式和一组用于高效访问、对齐和处理的单模态和多模态空间组学数据集的Python库。此存储库包含核心spatialdata库。请参阅下面的链接以了解更多有关SpatialData生态系统中其他包的信息。
- spatialdata-io：将数据从常见的空间组学技术加载到spatialdata中。
- spatialdata-plot：spatialdata的静态绘图库。
- napari-spatialdata：用于交互式探索和注释空间数据的napari插件。
spatialdata项目采用基于共识的治理模型，并由NumFOCUS资助。请考虑进行可抵扣税款的捐赠，以帮助该项目支付开发者时间、专业服务、旅行、研讨会和许多其他需求。
spatialdata项目还得到了Chan Zuckerberg Initiative的支持。
- 该库目前正在审查中。 我们预计在社区提供反馈时会有所变化。我们设有公告渠道来传达这些变化，请参阅下面的联系部分。
- 空间数据存储格式建立在OME-NGFF规范之上。
入门指南
请参阅文档。特别是
另一个有用的入门资源是spatialdata-io包的源代码，它展示了如何从常见技术中读取数据。
安装
有关更完整的安装说明，请查阅文档。要开始使用“包含电池”的安装，您可以通过pip安装
pip install "spatialdata[extra]"
或通过conda安装
mamba install -c conda-forge spatialdata napari-spatialdata spatialdata-io spatialdata-plot
限制
- 代码仅在Windows机器上手动测试。目前该框架正在Linux、macOS和Windows机器上开发，但仅对Linux和macOS机器自动测试。
联系
要参与讨论或需要帮助开始，您可以使用以下选项。
- 通过
scverseZulip聊天（公共或一对一）。 - 在scverse论坛上发表帖子。
- 通过GitHub问题跟踪器提交错误报告/功能请求。
- 作为每两周一次的SpatialData社区会议的一部分进行Zoom通话，会议于每周四举行，日程安排在此。
最后，特别是对于在spatialdata之上构建库的开发者，请关注此频道以获取
- 新功能和重要更改的公告Zulip。
引用
Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, K.A.等。SpatialData：一个开放且通用的空间组学数据框架。Nat Methods (2024)。https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
下载文件
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 48a37f9d03274c0967d6e4ba2bf7b826a8d2faff06f0ee8de5db76411e0e6bed |
|
| MD5 | d41e3066738addc12371a8a042c10c36 |
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| BLAKE2b-256 | 1d7a0d65af9a24cd1c18df89358e6845147eccb364012c34061d51c2e4d09d10 |
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 39f36ff2b39d0f028ce26d227bc91688c08ff4d45f2f3950b9fcaebd0f35d20b |
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| MD5 | 30883dbe20fd653744d690c9a4c6d84d |
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