sparc-curation

此仓库包含 sparcur，这是SPARC数据结构（SDS）验证器的Python实现。

它还包含用于SPARC数据集、协议和解剖连接的编目和知识管理工作流程的代码、文件和文档。

SDS验证器

要使用sparcur验证SDS格式化的数据集，请运行

pip install sparcur
pushd path/to/my/dataset
python -m sparcur.simple.validate

结果将写入path/to/my/dataset/curation-export.json。数据集的一般问题可以在path_error_report属性下找到。

背景

有关SPARC编目过程的通用介绍，请参阅background.org。

有关SDS（含过时的技术细节）的背景信息，请参阅这篇论文。

工作流程

关于curator工作流程的文档可以在 workflows.org 找到。

开发者指南

请参阅 开发者指南 了解如何重用和开发sparcur的示例。

设置

新开发人员或curator应首先遵循 setup.org。

curator查看器

curator查看器 是一个用 Racket 编写的GUI应用程序，它简化了下载、验证和纠正SDS格式数据集的过程。由于它需要直接在curator工作的操作系统上运行，因此设置目前相当复杂。它支持Windows、macos和linux。一旦完成初始设置，就有更新机制，可以简化管道同步。

SCKAN

此仓库包含 SCKAN发布管道 的核心以及运行和查询SCKAN的 文档。

相关链接

• SODA GUI应用程序，用于创建、验证和上传SDS格式数据集。
• SDS查看器 通过SDS验证器提供SDS格式数据集的Web UI。
• dockerfiles/source.org 规范，用于此仓库的开发者Docker镜像。还包括运行 sparcron 单个数据集管道、SCKAN镜像等镜像的规范。
• tgbugs/musl Docker Hub仓库中包含最新构建的镜像。
• open-physiology-viewer 代码，用于将ApiNATOMY模型转换为OWL/RDF，这是 apinatomy管道 所需的。