sourmash_plugin_commonhash

如果您已经绘制了许多样本，并且想要删除“罕见”的k-mer（只存在于1个或几个样本中），此插件适合您！此过程有助于减少样本之间的Jaccard比较中的噪声。

有关更详细的讨论，请参阅 sourmash#2383！

感谢Taylor Reiter和Jessica Lumian为此所做的一切！

安装

pip install sourmash_plugin_commonhash

用法

sourmash scripts commonhash <multiple sketches> -o commonhashes.zip

commonhash将为每个输入sketch输出一个过滤后的sketch。然后您可以使用各种 sourmash sig 命令来合并这些sketch，提取单个的，等等。

示例

sourmash scripts commonhash examples/*.sig.gz -o commonhash.zip

应该产生

...

Selecting k=31, DNA
Loaded 10587 hashes from 3 sketches in 3 files.
Of 10587 hashes, keeping 2529 that are in 2 or more samples.
Saved 3 signatures to 'commonhash.zip'

支持

我们建议在 主要sourmash问题跟踪器 上提交问题，因为它会得到更多的关注！

开发文档

commonhash 在 https://github.com/ctb/sourmash_plugin_commonhash 上开发。

生成发布版本

在 pyproject.toml 中提升版本号并推送。

在GitHub上创建新的发布。

然后拉取，并

python -m build

接着运行 twine upload dist/...。