sourmash_plugin_abundhist

安装

pip install sourmash_plugin_abundhist

使用

示例

基本命令行使用

% sourmash scripts abundhist examples/SRR606249-abund-100k.sig.zip

== This is sourmash version 4.8.3.dev0. ==
== Please cite Brown and Irber (2016), doi:10.21105/joss.00027. ==

loaded 1 total that matched ksize & molecule type

36   [3487]  ****************************************
72   [ 485]  ******
107  [ 171]  **
143  [  38]  *
178  [   5]
214  [   3]
249  [   7]  *
285  [   0]
320  [   2]
356  [   2]

为隔离 reads 数据集创建一个漂亮的直方图

sourmash scripts abundhist --max 100 --min 1 --bins 100 examples/reads.sig.gz --figure examples/ecoli-reads.png --ymax=200

将创建

为宏基因组创建一个漂亮的直方图

% sourmash scripts abundhist examples/SRR606249-abund-100k.sig.zip --figure hist.png

将创建此图

支持

我们建议在 主sourmash问题跟踪器 中提交问题，因为那里会受到更多关注！

开发文档

abundhist 在 https://github.com/ctb/sourmash_plugin_abundhist 开发。

测试

运行

pytest tests

生成发布版本

在 pyproject.toml 中增加版本号并推送。

在github上创建新的发布。

然后，拉取，并

python -m build

紧接着运行 twine upload dist/...。