source-mash-mixers

source-mash-mixers 是一个元包，用于安装多个有用的 sourmash插件！

我们的目标是所有“足够成熟”的sourmash插件都将通过 source-mash-mixers 提供，至少目前是这样。关于“成熟度”的标准定义 在这里，但这是一个不断发展的标准...

由 source-mash-mixers 安装的插件列表可在 代码 pyproject.toml 下的 依赖项 中找到 - 列表包括

• 一个命令行插件，用于生成sketch的2-和3路文氏图
• 一个命令行插件，用于sketch多个样本或基因组
• 一个命令行插件，用于按访问号下载NCBI基因组
• 一个命令行插件，用于根据多个样本中的存在/不存在来过滤哈希值
• 一个命令行插件，用于绘制丰度直方图

安装

此命令

pip install sourmash-mixers

将从Python包索引安装 source-mash-mixers 的最新版本。

使用方法

可以使用

sourmash scripts

列出命令行插件子命令，并使用

sourmash scripts <command> -h

查看每个插件命令的详细使用信息，例如 sourmash scripts sketchall -h。

您可以使用

sourmash info -v

开发者信息

如果您对开发自己的插件或更新现有插件感兴趣，请参阅 通过Python入口点的sourmash插件。那里有一个可供人们开始编写代码的模板存储库！或者您可以从上述任何插件开始。

有关问题、评论和编写/测试插件的帮助，请将问题提交到 sourmash-bio/sourmash 并/或 访问我们的gitter/matrix频道。

有关插件的一些背景信息 - 他们的动机和实现 - 可以在以下博客文章中找到：这里。

如果您对为sourmash-mixers添加自己的插件感兴趣，请在sourmash-mixers仓库中创建一个新问题，标题为“新插件清单”，并尽可能填写它，然后在该问题中请求更多说明！