solvis

关于

分析并可视化溶剂化壳层结构的多种方法，封装了PyVista。主要用于分析LAMMPS生成的输出。

安装

从PyPI

您可以从PyPI安装solvis，如下所示

pip install solvis-tools

从源

我们使用micromamba作为包管理器，但您也可以使用自己的工具。创建并激活环境。

micromamba create -f environment.yml
micromamba activate solvisenv

为了安装代码，请在顶级目录中运行以下命令

pip install -e .

示例

每个示例都是自包含的。大多数示例展示了如何处理交互式绘图。要关闭交互式窗口，请按q。

测试

要运行测试（在tests目录中），使用pytest编写，请在顶级目录中运行以下命令

pytest -v

要使用pdb调试测试，您可以在（在tests中的）Python文件中任何您想设置断点的地方写入命令breakpoint()。然后，运行pytest --pdb。这将使代码在您放置breakpoint()命令的行处停止。

要获取来自pytest的更多详细输出，包括通过测试的测试，您可以运行pytest -rA。

请注意，test_hydrogen_bond.py和test_plot_octahedral_shell.py实际上分别比较了为单个氢键和展示接受第七分子形成的氢键的八面体壳层创建的图像的结果。比较的图像位于顶级目录的image_cache_dir目录中。

要查看覆盖率报告，请在顶级目录中运行以下命令

pytest --cov=solvis tests/

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