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分子动力学轨迹中溶剂化结构的分析工具。

项目描述

SolvationAnalysis

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SolvationAnalysis实现了分析液体溶剂化结构的强大、连贯和快速的方法。它与MDAnalysis集成,可以无缝地计算、查询和可视化溶剂化信息。

readthedocs上找到文档和教程。

SolvationAnalysis安装

SolvationAnalysis可在PyPI和conda-forge上使用pip或conda安装。

pip install solvation-analysis

# or

conda install -c conda-forge solvation_analysis

Solvation Analysis 概述

summary

可视化

只需几行代码,溶解度分析就可以计算溶剂系统内部和之间的详细性质。以下是一些示例。

solvation_analysis.plotting.compare_coordination_numbers

solvation_analysis.plotting.plot_speciation

solvation_analysis.plotting.plot_rdfs

贡献

欢迎提交问题和Pull Request(PR)。如果您想做出贡献,请遵循在MDAnalysis行为准则中概述的社区指南。

溶解度分析使用pre-commit进行代码风格检查。如果您正在贡献工作,请确保安装了pre-commit钩子。

引用

本工作已在JOSS中描述,如果您在发表的论文中使用此包,请引用它。


本项目基于Computational Molecular Science Python Cookiecutter版本1.5。

项目详情


下载文件

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源代码分发

solvation_analysis-0.4.1.tar.gz (9.6 MB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

solvation_analysis-0.4.1-py3-none-any.whl (9.7 MB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

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